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标题: 基于原子计算径向分布函数，如何区分体系中相同的原子是属于哪个不同的分子呢？ [打印本页]

作者
Author: saga 时间: yesterday 15:57
标题: 基于原子计算径向分布函数，如何区分体系中相同的原子是属于哪个不同的分子呢？
各位老师：
gromacs计算径向分布函数时，如果基于原子计算径向分布函数，那么如何区分体系中相同的原子是属于哪个不同的分子呢？
谢谢！！！

作者
Author: 牧生 时间: yesterday 16:08
比如我用的十二烷基硫酸钠分子的itp文件中，有这样的atom字段，如下标红的部分

[ atoms ]
;  Index type residue  resname atom       cgnr    charge    mass
   1    s6       1    SDS    S1          1 1.10200979 32.064787
   2    o       1    SDS    O2          2 -0.63436302 15.999405
   3    o       1    SDS    O3          3 -0.62694043 15.999405
   4    o       1    SDS    O4          4 -0.63368060 15.999405

那么，就可以使用gmx rdf -f md.xtc -s md.tpr -ref "name O4" -sel "name NA"，计算指定原子间的RDF

作者
Author: sobereva 时间: yesterday 23:08
“相同的原子” 指代不明
如果是不同类型分子有相同的原子名，selection语句同时将原子名和残基名作为选择条件

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