计算化学公社

标题: VMD中的color scale设置问题 [打印本页]

作者
Author: pxp2024 时间: 2024-11-26 11:18
标题: VMD中的color scale设置问题
本帖最后由 pxp2024 于 2024-11-26 13:37 编辑

请问大家 VMD GRAPHICS里面的color scale 里面设置选项midpoint是中点位置， offset是中点的偏移量应该怎么理解呢？我想在origin中自己画颜色标尺替换掉VMD中的color scale,VMD中的颜色标尺数据怎么导出来呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-11-26 11:23
色彩刻度中点的偏移量

“这个color scale 怎么设置origin里的颜色标尺参数让两个图像颜色一致” 严重病句

认真把下文看了，补充信息
在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚
http://sobereva.com/620（http://bbs.keinsci.com/thread-25787-1-1.html）

作者
Author: pxp2024 时间: 2024-11-26 11:32

sobereva 发表于 2024-11-26 11:23
色彩刻度中点的偏移量

“这个color scale 怎么设置origin里的颜色标尺参数让两个图像颜色一致” 严重病 ...

感谢老师的回复，请问这个偏移量应该怎么理解？还有我想在origin 中做一个颜色标尺图替换掉VMD中的颜色标尺，请问这个应该怎么做？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-11-26 11:39

pxp2024 发表于 2024-11-26 11:32
感谢老师的回复，请问这个偏移量应该怎么理解？还有我想在origin 中做一个颜色标尺图替换掉VMD中的颜色标 ...

graphics - colors里拖动offset一看便知

(, 下载次数 Times of downloads: 27)

不知道你干嘛要替换，完全意义不明。一次性完整交代清楚

作者
Author: pxp2024 时间: 2024-11-26 13:39
下面的图是我自己在origin中画的颜色标尺与VMD中的有差异，请问怎么能把VMD中的颜色标尺的数据导出来在origin中作图？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-11-26 13:40

pxp2024 发表于 2024-11-26 13:39
下面的图是我自己在origin中画的颜色标尺与VMD中的有差异，请问怎么能把VMD中的颜色标尺的数据导出来在orig ...

先说清楚你要用Origin干嘛，Origin又画不出这种图。一次性把能交代的都交代完整，别别人问的时候才一点点说，浪费时间

作者
Author: pxp2024 时间: 2024-11-26 13:52

sobereva 发表于 2024-11-26 13:40
先说清楚你要用Origin干嘛，Origin又画不出这种图。一次性把能交代的都交代完整，别别人问的时候才一点点 ...

就是用origin画颜色标尺，把VMD的颜色标尺数据导出来在origin中从新画一个颜色标尺，因为需要从新排图，发生VMD带的颜色标尺不方便调单位

作者
Author: Uus/pMeC6H4-/キ 时间: 2024-11-26 15:24
本帖最后由 Uus/pMeC6H4-/キ于 2024-11-26 15:26 编辑

pxp2024 发表于 2024-11-26 13:52
就是用origin画颜色标尺，把VMD的颜色标尺数据导出来在origin中从新画一个颜色标尺，因为需要从新排图， ...

Extensions - Visualization - Color Scale Bar的源代码就在VMD目录下plugins/noarch/tcl/colorscalebar1.4/colorscalebar.tcl脚本里，直接搜draw text找绘制的文本对应变量然后改一改不就行了

区分“从新”和“重新”

作者
Author: pxp2024 时间: 2024-11-26 18:52

Uus/pMeC6H4-/キ发表于 2024-11-26 15:24
Extensions - Visualization - Color Scale Bar的源代码就在VMD目录下plugins/noarch/tcl/colorscalebar1 ...

好的

作者
Author: pxp2024 时间: 2024-11-26 19:58
本帖最后由 pxp2024 于 2024-11-26 20:09 编辑

pxp2024 发表于 2024-11-26 18:52
好的

你好，我想把刻度值（例如1.600e+000）改成正常的数值加单位(1.6eV)，不想用科学计数形式，请问应该修改那部分的参数，应该怎么修改?

作者
Author: pxp2024 时间: 2024-11-26 20:09

Uus/pMeC6H4-/キ发表于 2024-11-26 15:24
Extensions - Visualization - Color Scale Bar的源代码就在VMD目录下plugins/noarch/tcl/colorscalebar1 ...

你好，我想把刻度值（例如1.600e+000）改成正常的数值加单位(1.6eV)，不想用科学计数形式，请问应该修改那部分的参数，应该怎么修改?

作者
Author: Uus/pMeC6H4-/キ 时间: 2024-11-26 21:41

pxp2024 发表于 2024-11-26 20:09
你好，我想把刻度值（例如1.600e+000）改成正常的数值加单位(1.6eV)，不想用科学计数形式，请问应该修改 ...

Color Scale Bar插件弹出的tk窗口有个Label format的选项可以直接切换刻度数值是否启用科学计数法。
额外添加单位以及修改小数位数的话才需要改colorscalebar.tcl脚本，搜索定义变量labeltxt的地方并结合tcl里format的语法修改引号中的内容即可。

作者
Author: pxp2024 时间: 2024-11-27 08:18

Uus/pMeC6H4-/キ发表于 2024-11-26 21:41
Color Scale Bar插件弹出的tk窗口有个Label format的选项可以直接切换刻度数值是否启用科学计数法。
额 ...

谢谢

作者
Author: pxp2024 时间: 2024-11-27 14:25
本帖最后由 pxp2024 于 2024-11-27 14:39 编辑

Uus/pMeC6H4-/キ发表于 2024-11-26 21:41
Color Scale Bar插件弹出的tk窗口有个Label format的选项可以直接切换刻度数值是否启用科学计数法。
额 ...

老师你好，我已经按照你的说明得到了想要的颜色刻度，但是我想让蓝色在上，红色在下反转过来，请问应该怎么操作，另外我觉得还是把他这个颜色代码转换出来在origin里画能更方便，请问老师能帮我看看这个代码具体是什么意思吗？
# draw the color bar
  set mincolorid [colorinfo num]
  set maxcolorid [expr [colorinfo max] - 1]
  set numscaleids [expr $maxcolorid - $mincolorid]
  set step [expr $length / double($numscaleids)]
  for {set colorid $mincolorid } { $colorid <= $maxcolorid } {incr colorid 1 } {
draw color $colorid
set cur_y [ expr $start_y + ($colorid - $mincolorid) * $step ]
draw line "$use_x $cur_y $use_z"  "[expr $use_x+$width] $cur_y $use_z"
  }

非常感谢

作者
Author: Uus/pMeC6H4-/キ 时间: 2024-11-28 22:43

pxp2024 发表于 2024-11-27 14:25
老师你好，我已经按照你的说明得到了想要的颜色刻度，但是我想让蓝色在上，红色在下反转过来，请问应该 ...

不用叫老师，另外直接往帖子里写自己计算机的路径是传不上来图片的哦（虽然我能大概猜到也不用看了）

如果反转的效果是从下到上仍然是负值到正值但颜色变成红白蓝，在Graphics - Colors的Color Scale把Method在RWB和BWR间切换下就行。但是看5楼第二图上端是蓝色负值，估计这应该不是你的想法。脚本定义了一个变量start_y作为起点的y坐标，然后在长度length内逐步增加y坐标来绘制颜色和刻度，最后在更高的y坐标绘制标签作为标题；所以要实现你的想法就得把start_y初始值增大，找循环内expr $start_y + ...之类的语句把加改成减，等等。

你贴的这一段就是利用for循环逐步增加y坐标绘制颜色的代码。draw color $colorid决定了此步绘制的颜色对应colorid，draw line ...就是画一条对应颜色的细线，一步一步画线堆成最后的渐变色彩条。VMD的渐变色和colorid机制确实有点不太直观，参考手册74到77页；虽然确实可以用colorinfo rgb <colorid>之类的指令提取颜色，但整个渐变色范围涉及上千colorid且直接输出的RGB值是三个0到1的小数，很可能不适合其他作图软件的渐变色定义方式。

作者
Author: pxp2024 时间: 2024-11-29 20:09
谢谢你的回复，请问offset的默认值怎么能改成0，我发现改成0后和origin中的颜色标尺差不多

作者
Author: pxp2024 时间: 2024-11-29 20:24

Uus/pMeC6H4-/キ发表于 2024-11-28 22:43
不用叫老师，另外直接往帖子里写自己计算机的路径是传不上来图片的哦（虽然我能大概猜到也不用看了）

...

非常感谢，我觉得颜色标尺肯定是按照蓝白红然后颜色递减的，origin中可以直接插值，我想怎么确定VMD中颜色标尺的画了多少条颜色，我直接提出初末颜色然后根据他的颜色条数量就可以在origin中插值画，origin的插值最大值为256，另外怎么能把VMD中的color control颜色标尺的offset 设置默认0，设置到0后和origin中一个颜色标尺很接近

作者
Author: Uus/pMeC6H4-/キ 时间: 2024-12-2 10:57

pxp2024 发表于 2024-11-29 20:24
非常感谢，我觉得颜色标尺肯定是按照蓝白红然后颜色递减的，origin中可以直接插值，我想怎么确定VMD中颜 ...

第二个问题，根据Log Tcl Commands to Console的结果，调offset为0的时候同时执行以下三个命令，所以要设为默认的话把这些加到vmd.rc里：

color scale midpoint 0.500000
color scale min 0.000000
color scale max 1.000000

复制代码

第一个问题，渐变色涉及的colorid从33开始到1056结束，一共1024个。我不太清楚额外拿去拟合有什么好处，但一定要这么干的话先阅读前面说的VMD手册相关部分。

作者
Author: pxp2024 时间: 2024-12-3 13:03

Uus/pMeC6H4-/キ发表于 2024-12-2 10:57
第二个问题，根据Log Tcl Commands to Console的结果，调offset为0的时候同时执行以下三个命令，所以要设 ...

谢谢，其实也没有非要拿出来画颜色标尺，只是我不太懂代码，用VMD画的颜色标尺不方便调大小

作者
Author: pxp2024 时间: 2024-12-3 14:13

Uus/pMeC6H4-/キ发表于 2024-11-28 22:43
不用叫老师，另外直接往帖子里写自己计算机的路径是传不上来图片的哦（虽然我能大概猜到也不用看了）

...

您好，谢谢你的介绍，我的问题解决了，修改了下面的语句
# draw the color bar
set cur_y [ expr $start_y+$length - ($colorid - $mincolorid) * $step ]
drew the text
set coord_y [expr $start_y+$length - $i * $step_size ]
set cur_text [expr $min + $i * $value_step ]

让循环负着来，非常感谢

作者
Author: chunhui201 时间: 2025-2-19 16:14

sobereva 发表于 2024-11-26 11:39
graphics - colors里拖动offset一看便知

请问VMD中能把颜色标尺表示出来吗

作者
Author: sobereva 时间: 2025-2-19 17:34

chunhui201 发表于 2025-2-19 16:14
请问VMD中能把颜色标尺表示出来吗

Graphics - Color - Color scale，然后自己ps最省事
或者参考下文
使用Multiwfn+VMD快速地绘制静电势着色的分子范德华表面图和分子间穿透图（含视频演示）
http://sobereva.com/443（http://bbs.keinsci.com/thread-11080-1-1.html）

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)