计算化学公社

标题: GMXPBSAtool是否支持 Gromacs2016或5.0 [打印本页]

作者
Author: tianflame 时间: 2017-2-5 22:14
标题: GMXPBSAtool是否支持 Gromacs2016或5.0
本人新手，刚接触MM/PBSA计算，请问最新版的GMXPBSAtool（应该是2.1吧）是否支持 Gromacs2016？我试了一下好像有问题，是否需要修改gmxpbsa0.sh脚本，有人做过吗？

另外GMXPBSAtool是否支持Gromacs 5.0以上版本，是否需要修改 gmxpbsa0.sh脚本？

谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2017-2-5 22:44
建议用g_mmpbsa，明确支持最新gmx版本
http://rashmikumari.github.io/g_mmpbsa/

作者
Author: tianflame 时间: 2017-2-6 09:28

sobereva 发表于 2017-2-5 22:44
建议用g_mmpbsa，明确支持最新gmx版本
http://rashmikumari.github.io/g_mmpbsa/

好的，谢谢sob大神！

作者
Author: xpyp 时间: 2017-9-5 13:22

sobereva 发表于 2017-2-5 22:44
建议用g_mmpbsa，明确支持最新gmx版本
http://rashmikumari.github.io/g_mmpbsa/

Features v1.6
..........

Supports GROMACS 4.5.x, 4.6.x, GROMACS 5.0.x and GROMACS 5.1.x versions.

Supports APBS 1.2.x, 1.3.x and 1.4.x versions
.................

不知是否支持gromacs2016.3? 不行的话，我只能去用gmx5.1了

作者
Author: sobereva 时间: 2017-9-6 05:29

xpyp 发表于 2017-9-5 13:22
Features v1.6
..........

没试，鉴于5.1.4和gmx2016之间差异不算大，可以试试。也可以直接问作者

作者
Author: 霜晨月 时间: 2017-9-8 22:10
g_mmpbsa最后给出的都是binding energy，这个是否就是我们想要的binding free energy呢？

作者
Author: kunkun 时间: 2017-9-10 21:31

霜晨月发表于 2017-9-8 22:10
g_mmpbsa最后给出的都是binding energy，这个是否就是我们想要的binding free energy呢？

这个算出来的是不包含熵变的结合自由能文献里说他是”相对“结合自由能，相对于绝对结合自由能来说。

作者
Author: 霜晨月 时间: 2017-9-11 13:41

kunkun 发表于 2017-9-10 21:31
这个算出来的是不包含熵变的结合自由能文献里说他是”相对“结合自由能，相对于绝对结合自由能来说。

谢谢，是不是MMPBSA方法算出来的都是这样，不包含熵变？
印象中，好像一些文献上用MMPBSA算，直接说是结合自由能

作者
Author: 霜晨月 时间: 2017-9-11 13:43

kunkun 发表于 2017-9-10 21:31
这个算出来的是不包含熵变的结合自由能文献里说他是”相对“结合自由能，相对于绝对结合自由能来说。

绝对结合自由能，是否只能用TI、LIE、或AlChemical 等MD方法来算？没有简便的计算方法？

作者
Author: sobereva 时间: 2017-9-11 17:09

霜晨月发表于 2017-9-11 13:41
谢谢，是不是MMPBSA方法算出来的都是这样，不包含熵变？
印象中，好像一些文献上用MMPBSA算，直接说是结 ...

MMPBSA给的就是绝对的结合自由能
虽然也可以考虑振动熵对结合自由能的影响，但是这需要对每一帧做昂贵的振动分析，而结果比不考虑时大多时候并没什么改进，所以一般不考虑振动熵的贡献。

作者
Author: fhh2626 时间: 2017-9-11 19:35

霜晨月发表于 2017-9-11 13:43
绝对结合自由能，是否只能用TI、LIE、或AlChemical 等MD方法来算？没有简便的计算方法？

MMPBSA就是一种极其近似的绝对结合自由能计算方法（误差经常大于100%）

要精确计算绝对结合自由能极其复杂，不管是用alchemical还是geometrical的方法，都需要施加很多约束，然后再逐个考虑约束的贡献，详细的相关内容可以看chipot JCTC 2013, what is the best strategy那篇文章

作者
Author: kunkun 时间: 2017-9-11 22:39

霜晨月发表于 2017-9-11 13:41
谢谢，是不是MMPBSA方法算出来的都是这样，不包含熵变？
印象中，好像一些文献上用MMPBSA算，直接说是结 ...

引原文: "The current implementation of the MM-PBSA method within g_mmpbsa does not include the calculation of entropic terms and therefore in principle is unable to give the absolute binding energy 8 . The tool is thus suited for calculating relative binding energies, for example to compare. The tool is thus suited for calculating relative binding energies, for example to compare different ligands binding to the same receptor protein. "

只是g_mmpbsa给的是相对结合自由能.

作者
Author: sobereva 时间: 2017-9-12 05:34

kunkun 发表于 2017-9-11 22:39
引原文: "The current implementation of the MM-PBSA method within g_mmpbsa does not include the cal ...

并不是g_mmpbsa给的是相对结合自由能，而是说，g_mmpbsa给出的结合自由能由于没有考虑熵效应，所以绝对值不准（比如和实验解离常数换算的自由能来对比不适合），只适合对于一系列体系横向对比。

但不适合讨论绝对值这一点只是作者的看法，我倒不是完全认同。

作者
Author: 霜晨月 时间: 2017-9-12 11:19
谢谢各位老师，学习了

作者
Author: kunkun 时间: 2017-9-12 12:27

sobereva 发表于 2017-9-12 05:34
并不是g_mmpbsa给的是相对结合自由能，而是说，g_mmpbsa给出的结合自由能由于没有考虑熵效应，所以绝对 ...

谢谢sob老师纠正我之前还纳闷他这个为什么叫相对结合自由能…

作者
Author: xpyp 时间: 2017-11-5 21:31
借地求个 GMXPBSAtool, 官网上不去.

作者
Author: HarrisLin 时间: 2017-11-13 15:11

xpyp 发表于 2017-11-5 21:31
借地求个 GMXPBSAtool, 官网上不去.

如附件

作者
Author: jackie 时间: 2020-4-21 21:40
根据测试，只要是gmx4.5以上的版本，GMXPBSA均支持计算。只是在脚本自动生成Mm.mdp文件中的一些参数用时过老旧，所以经常出错。如果想使用gmx5.0以上甚至更新的版本来计算就需要在$路径/GMXPBSAtool/print_files.dat文件里找到Mm.mdp对应输出内容的部分进行修改成当前gmx程序支持关键词即可。
GMXPBSA程序优点就是可以较准确处理MM部分计算，因为直接调用gmx程序计算vdW和coul部分，这样我们可以通过修改"epsilon-r = 1"关键词来控制不同介电常数下静电能的计算，甚至也可以将cutoff考虑进去，这是g_mmpbsa目前无法做到的；
另外，该工具也可以进行丙氨酸扫描，这样就可以来计算氨基酸突变自由能从而评判哪些氨基酸贡献比较大；
唯一的缺点就是GMXPBSA工具还不能对单个residue进行能量分解，而g_mmpbsa就可以解决这一问题。

总体来说，目前结合gmx程序做自由能计算的软件均存在一定的缺陷；如果有条件还是推荐使用AMBER程序来做模拟，因为其自带的MMPBSA.py脚本可以完美解决以上的问题。

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