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标题: ATB网站生成分子拓扑信息错误 [打印本页]

作者
Author: 123KK 时间: 2024-11-26 11:53
标题: ATB网站生成分子拓扑信息错误
本人使用Automated Topology Builder V3网站进行分子拓扑信息生成，想要获取关于GROMACS模拟所需GRO,ITP文件,但是该网站处理我的分子信息时间过长（超过48h），无法生成分子动力学模块的文件。
事实上，本人一直使用这个网站，以前并无差错，最近两天却突然出现这种情况，请有知情的朋友指导一下。
本人是使GROMOS 54A7力场的，做的是蛋白和有机物配体小分子。
输入文件示例以及ATB网站现状如附图

作者
Author: 牧生 时间: 2024-11-26 12:05
http://sobereva.com/soft/Sobtop/

用sobtop很不错哦，简单快捷

作者
Author: 123KK 时间: 2024-11-26 12:26

牧生发表于 2024-11-26 12:05
http://sobereva.com/soft/Sobtop/

用sobtop很不错哦，简单快捷

谢谢，我还想请教一下（我对基本的力场概念其实不太懂），我之前使用的是网站上G5A7FF United-Atom(ITP file)和United-Atom G96（original geometry）分别的得到GRO,ITP，这个新工具也会有对应的生成选择么

作者
Author: sobereva 时间: 2024-11-26 13:27
配体小分子用sobtop产生GAFF力场的拓扑文件（结合Multiwfn算的RESP电荷，看http://sobereva.com/441、http://sobereva.com/476）、结合AMBER14SB描述的蛋白质，是算蛋白质-配体复合物的极佳选择，并且强烈建议作为默认选择。用GROMOS等其它力场没任何额外好处。sobtop比ATB好用得多得多得多。

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