计算化学公社

标题: 蛋白-蛋白复合物的动力学模拟可以按照蛋白配体复合物的步骤来跑吗？ [打印本页]

作者
Author: lmtt 时间: 2024-11-26 15:17
标题: 蛋白-蛋白复合物的动力学模拟可以按照蛋白配体复合物的步骤来跑吗？
各位老师，请问一下蛋白-蛋白复合物的动力学模拟可以按照蛋白配体复合物的步骤来跑吗？如果不应该怎样跑呀？有什么需要注意的地方吗？（我在网上没找到教程之类的欸）

作者
Author: Seyilaxa 时间: 2024-11-26 21:55
蛋白-蛋白直接按一般的蛋白质体系跑就行，pdb2gmx会自动分链创建拓扑。如果两条链之间有二硫键连接，要用-merge选项把连在一起的链归进一个[moleculetype]

作者
Author: sobereva 时间: 2024-11-27 16:24
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，并清楚、准确反映出帖子具体内容，避免有任何歧义和含糊性，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题 “蛋白-蛋白动力学模拟” 改了，以后务必注意

作者
Author: sobereva 时间: 2024-11-27 16:26
参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/KGMX）的幻灯片：

(, 下载次数 Times of downloads: 8)

作者
Author: lmtt 时间: 2024-11-29 15:51

Seyilaxa 发表于 2024-11-26 21:55
蛋白-蛋白直接按一般的蛋白质体系跑就行，pdb2gmx会自动分链创建拓扑。如果两条链之间有二硫键连接，要用-m ...

好，谢谢！

作者
Author: lmtt 时间: 2024-11-29 15:51

sobereva 发表于 2024-11-27 16:24
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此 ...

好的，谢谢老师！

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)