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标题: 蛋白-蛋白复合物的动力学模拟可以按照蛋白配体复合物的步骤来跑吗？ [打印本页]

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Author: lmtt 时间: yesterday 15:17
标题: 蛋白-蛋白复合物的动力学模拟可以按照蛋白配体复合物的步骤来跑吗？
各位老师，请问一下蛋白-蛋白复合物的动力学模拟可以按照蛋白配体复合物的步骤来跑吗？如果不应该怎样跑呀？有什么需要注意的地方吗？（我在网上没找到教程之类的欸）

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Author: Seyilaxa 时间: yesterday 21:55
蛋白-蛋白直接按一般的蛋白质体系跑就行，pdb2gmx会自动分链创建拓扑。如果两条链之间有二硫键连接，要用-merge选项把连在一起的链归进一个[moleculetype]

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Author: sobereva 时间: 5 hour ago
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，并清楚、准确反映出帖子具体内容，避免有任何歧义和含糊性，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题 “蛋白-蛋白动力学模拟” 改了，以后务必注意

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Author: sobereva 时间: 5 hour ago
参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/KGMX）的幻灯片：

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