计算化学公社

标题: ZIF材料的NAMD力场如何生成呢？ [打印本页]

作者
Author: abing 时间: 2024-11-26 17:36
标题: ZIF材料的NAMD力场如何生成呢？
请教一下各位老师，我看到sob老师博文中有提到用sobtop生成MOF的力场文件，但sobtop得到结果都是gromacs格式的。
看到参考文献中有介绍到ZIF-8材料的力场参数，但其他ZIF材料的力场很少找到了。要得到ZIF材料NAMD的力场要怎么去生成呢？
只能参照文献中给出的参数自己去写文件嘛？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-11-27 15:17
用parmED把sobtop产生的拓扑文件转成NAMD的，要么就用GROMACS。本来GROMACS效率就比NAMD更高、用户多一个数量级，没什么理由非得用NAMD

作者
Author: abing 时间: 2024-11-28 15:18

sobereva 发表于 2024-11-27 15:17
用parmED把sobtop产生的拓扑文件转成NAMD的，要么就用GROMACS。本来GROMACS效率就比NAMD更高、用户多一个数 ...

谢谢sob老师回答。因为我目前没有gromacs模拟基础，仅采用NAMD进行模拟。我尝试使用parmED进行力场转换，但是parmED似乎无法生成CHARMM格式力场。

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请问sob老师，parmED要如何将gromacs的格式转换为CHARMM格式的呢

作者
Author: sobereva 时间: 2024-11-28 17:12

abing 发表于 2024-11-28 15:18
谢谢sob老师回答。因为我目前没有gromacs模拟基础，仅采用NAMD进行模拟。我尝试使用parmED进行力场转换， ...

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