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标题: 在GROMACS中如果要用Buckingham势而不是LJ势，top文件应该怎么写呢？ [打印本页]

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Author: ZQing 时间: yesterday 19:39
标题: 在GROMACS中如果要用Buckingham势而不是LJ势，top文件应该怎么写呢？
我想用GROMACS模拟一下碳酸盐熔体，体系中只含有碳酸根离子和金属阳离子，找到了一篇文章，文章中介绍了同一碳酸根内的C-O作用方式和O-O作用方式，以及各种金属阳离子与碳酸根中的O的非键作用方式，文章中用的软件是DL_POLY_2。附上文章链接（https://doi.org/10.1063/1.5082731）我想知道如何把文章中的力场参数用到GROMACS里。看上去文章中定义非键相互作用是用的是Buckingham势而不是LJ势，那么我有以下几个问题：
1，top文件中[ defaults ]字段中，因为我的nbfunc写了2，那comb-rule应该怎么写？

[ defaults ]
; nbfunc comb-rule gen-pairs fudgeLJ fudgeQQ
2 ？ no 1 1

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（因为我看到对于Buckingham势只有一种结合规则，那我这儿应该填什么呢？）
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2，[ atomtypes ]里的sigma (nm) epsilon (kJ/mol)该怎么写？文章中也没有给相应原子sigma (nm) epsilon (kJ/mol)的值，那我应该怎么获得呢？而且我看GROMACS手册sigma (nm) epsilon (kJ/mol)是使用LJ势的时候才有的参数，那我用Buckingham势该怎么写这个参数呢？
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3，对于文章中提到的碳酸根离子内的O-O相互作用我应该怎么用到GROMACS里呢？
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