计算化学公社

标题: 在模拟电极电解液界面时，出现了电解液从Z方向进入到电极的另一侧的情况该如何避免？ [打印本页]

作者
Author: hanyu123 时间: yesterday 20:02
标题: 在模拟电极电解液界面时，出现了电解液从Z方向进入到电极的另一侧的情况该如何避免？
(, 下载次数 Times of downloads: 8) [attach]102368[/attach] (, 下载次数 Times of downloads: 8)
各位大佬好，本人刚开始学习GROMACS有许多不明白的地方想请教一下大家。首先我在模拟电极电解液界面的时候，跑完eq发现有部分电解液从Z方向进入到了电极下表面，请问这种情况该怎么避免呢？我想让下方只有电极存在。这种情况我想了两种方法解决不知道是否可行，还请各位大佬指导。
1：限制电极的位置，通过在电极itp中使用position_restraints，或者对电极使用冻结（我看电极中的锌原子不是平整得，是不是模拟电极得时候都要加上限制？）
2：使用pbc=xy和nwall=2 取消Z方向上得周期性，使得溶剂分子不会从Z方向进入电极下表面。（这个方法我看关于wall得参数好多不太会设置，请问有什么例子可以学习一下吗？）
输入文件如图所示，欢迎各位大佬指导，万分感谢。

作者
Author: hanyu123 时间: yesterday 20:07
补充mdp文件

作者
Author: hanyu123 时间: yesterday 20:54
这是跑完em后的结构，底部也没有多余空间

作者
Author: sobereva 时间: 5 hour ago
有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充，应直接编辑原帖，不要通过回帖进行补充，这点在置顶的新社员必读贴里明确说了。

用wall就完了。几句话说不清楚，北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/KGMX）里有具体例子可以参考
(, 下载次数 Times of downloads: 1)

作者
Author: hanyu123 时间: 2 hour ago

sobereva 发表于 2024-11-27 15:41
有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充，应直接编辑原帖，不要通过回帖进行补充，这点在置顶的新社员必 ...

好的，多谢卢老师指导，我也一并再细读置顶帖。

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)