计算化学公社

标题: 高斯QM/MM对分子进行优化的时候总是出现小虚频 [打印本页]

作者
Author: 〇66 时间: 2024-11-26 21:24
标题: 高斯QM/MM对分子进行优化的时候总是出现小虚频
高斯QM/MM对分子进行优化，高精度原子大概30个，低精度大概2000个。
关键词：# opt freq oniom(M062X/def2svp:uff)
用该关键词优化后有两个小虚频，于是想用Manual Displacement的方法消除虚频
(, 下载次数 Times of downloads: 6)

保存新结构后重新用同样的关键词进行优化，结果还是存在一个虚频（大概-5左右的值）。
然后我又尝试换了一个泛函WB97XD，优化完还是有一个虚频存在（大概-7左右的值）。

想请教各位老师有没有什么好的建议，我主要想计算这个体系的能量。
后续还想找到过渡态，后续过渡态优化的时候还有什么需要注意的地方呢，怎么避免总是出现奇怪的虚频呢？
谢谢老师赐教。

作者
Author: wal 时间: 2024-11-26 22:30
本帖最后由 wal 于 2024-11-27 13:21 编辑

加个int=superfine看看
体感wb97xd和M062X优化柔性体系都很容易出这种小毛病

编辑：好像有人对体感颇有微词我放一个最近用wb97xd优化的体系展示一下为什么我这样体感
(, 下载次数 Times of downloads: 1)

作者
Author: 〇66 时间: 2024-11-27 14:02

wal 发表于 2024-11-26 22:30
加个int=superfine看看
体感wb97xd和M062X优化柔性体系都很容易出这种小毛病

非常感谢，按照你说的加上了，问题已解决！

作者
Author: sobereva 时间: 2024-11-27 15:25
没事甭用M06-2X优化，下文明确说了
谈谈量子化学研究中什么时候用B3LYP泛函优化几何结构是适当的
http://sobereva.com/557（http://bbs.keinsci.com/thread-17899-1-1.html）
Gaussian中几何优化收敛后Freq时出现NO或虚频的原因和解决方法
http://sobereva.com/278（http://bbs.keinsci.com/thread-633-1-1.html）

作者
Author: 〇66 时间: 2024-11-27 16:13
本帖最后由〇66 于 2024-11-27 16:17 编辑

sobereva 发表于 2024-11-27 15:25
没事甭用M06-2X优化，下文明确说了
谈谈量子化学研究中什么时候用B3LYP泛函优化几何结构是适当的
http:// ...

非常感谢sob老师答复。
我选用M06-2X的原因：后续还想得到在基态和激发态下，过渡态相对准确的能量，考虑到B3LYP可能没有M06-2X计算的精确，所以先选用了M06-2X直接进行优化。以后是不是可以先用B3LYP找到合适的结构，再用M06-2X计算能量。
另外想问一下老师，激发态的过渡态关键词这样写是否有误，oniom(td/opt=(calcfc,ts,noeigen)/M062X/def2svp:uff)

作者
Author: sobereva 时间: 2024-11-27 16:17

〇66 发表于 2024-11-27 16:13
非常感谢sob老师答复。
我选用M06-2X的原因：后续还想得到在基态和激发态下，过渡态相对准确的能量，考 ...

是

别乱写/。opt写到ONIOM外头

作者
Author: 〇66 时间: 2024-11-27 18:28

wal 发表于 2024-11-26 22:30
加个int=superfine看看
体感wb97xd和M062X优化柔性体系都很容易出这种小毛病

想麻烦问一下，体感是什么意思呢？

作者
Author: 〇66 时间: 2024-11-27 18:35

sobereva 发表于 2024-11-27 16:17
是

别乱写/。opt写到ONIOM外头

谢谢老师回复，麻烦再问一下老师
我用这样的关键词找过渡态，
# opt=(calcfc,ts,noeigen) oniom(td/m062x/def2svp:uff) int=superfine
这是输入文件： (, 下载次数 Times of downloads: 5)
在运行了半个小时后出现了报错，输出文件最后几行如下：
N-N= 2.377027957132D+03 E-N=-8.223887063858D+03  KE= 1.468836783183D+03
  Exact polarizability: 239.891  13.651 202.292 4.849  73.767 203.645
Approx polarizability: 275.068  -9.319 245.714  -6.739  75.337 262.687
Small Hessian and NAC in D1E.
Error termination via Lnk1e in /public/home/acgcwoz92l/software/g16/l701.exe at Wed Nov 27 17:33:09 2024.
Job cpu time:    1 days  5 hours 40 minutes  4.5 seconds.
Elapsed time:    0 days  0 hours 27 minutes 51.0 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF= 2507 Int=    0 D2E=    0 Chk=    21 Scr=    1

这种情况该如何解决呢，谢谢老师！盼复

作者
Author: wal 时间: 2024-11-27 18:47

〇66 发表于 2024-11-27 18:28
想麻烦问一下，体感是什么意思呢？

意思就是我根据自己的使用体验而对这两个泛函做出的评价

作者
Author: 〇66 时间: 2024-11-28 09:03

wal 发表于 2024-11-27 18:47
意思就是我根据自己的使用体验而对这两个泛函做出的评价

你这个虚频好多好大呀哈哈哈

作者
Author: sobereva 时间: 2024-11-28 11:45

〇66 发表于 2024-11-27 18:35
谢谢老师回复，麻烦再问一下老师
我用这样的关键词找过渡态，
# opt=(calcfc,ts,noeigen) oniom(td/m06 ...

当前计算没有任何意义，原子电荷都没指定

加上原子电荷定义，并改成ONIOM(td PBE1PBE/def2svp:UFF)，没必要int=superfine。而且MM描述的分子根本没必要那么多，包围中心分子一两圈就够了，而且边缘原子必须冻结

作者
Author: 〇66 时间: 2024-11-28 14:44

sobereva 发表于 2024-11-27 16:17
是

别乱写/。opt写到ONIOM外头

老师我用了这个关键词后面出现了这样的报错# opt=(calcfc,ts,noeigen) oniom(td/m062x/def2svp:uff)
Exact polarizability: 239.856  13.626 202.289 4.829  73.752 203.629
Approx polarizability: 275.068  -9.319 245.714  -6.739  75.336 262.687
Small Hessian and NAC in D1E.
Error termination via Lnk1e in /public/home/acgcwoz92l/software/g16/l701.exe at Thu Nov 28 09:56:17 2024.
Job cpu time:    0 days 15 hours  4 minutes 15.7 seconds.
Elapsed time:    0 days  0 hours 14 minutes  9.7 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF= 2507 Int=    0 D2E=    0 Chk=    30 Scr=    1

后面加上了int=superfine还是有同样的报错，还有什么解决方法吗，谢谢老师

作者
Author: sobereva 时间: 2024-11-28 17:09

〇66 发表于 2024-11-28 14:44
老师我用了这个关键词后面出现了这样的报错# opt=(calcfc,ts,noeigen) oniom(td/m062x/def2svp:uff)
...

我该说的都说了

作者
Author: 〇66 时间: 2024-11-30 13:26

sobereva 发表于 2024-11-28 11:45
当前计算没有任何意义，原子电荷都没指定

加上原子电荷定义，并改成ONIOM(td PBE1PBE/def2svp:UFF)， ...

谢谢老师指点。我还是有几个问题想问一下老师：1. 我主要是想看激发态过渡态的能量，用PBE1PBE计算的话，能量计算出来的精度会不会不够呀？2. 麻烦问一下什么加原子电荷定义呢？感谢老师答复！

作者
Author: sobereva 时间: 2024-12-2 05:00

〇66 发表于 2024-11-30 13:26
谢谢老师指点。我还是有几个问题想问一下老师：1. 我主要是想看激发态过渡态的能量，用PBE1PBE计算的话， ...

够
参考下文
基于背景电荷计算分子在晶体环境中的吸收光谱
http://sobereva.com/579（http://bbs.keinsci.com/thread-20960-1-1.html）

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)