公社群聊Q&A整理：2017.01.07 07 ~ 2017.01.11 17 Concate - 计算化学公社

2017.01.07 06:34:34
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
原理上是可以，但步骤会多一些
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2017.01.07 06:42:26
Q:
[图片]老师，我就是想计算这个表里的数据
sob老师用Multiwfn分析MP2算的超极化率的时候，Multiwfn也闪退
这个是什么原因
[图片]
A:
命令没输对，没用#P或者选项选错了
Q:
请问这个是怎么计算出来的啊，麻烦老师您了@卖萌君
A:
什么级别该用什么关键词这里都写着
使用Multiwfn分析Gaussian09的极化率、第一超极化率的输出
http://sobereva.com/231
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2017.01.07 06:58:29
Q:
请问高斯中怎么算VDE，然后做出这样的图呢？[图片]
A:
算出来垂直电离能，把数据直接按照Multiwfn手册3.13.2节的格式写成plain text file文件，然后让
multiwfn载入，用主功能11作图即可（选成绘制UV-Vis光谱，然后再适当调节坐标轴描述等）
看错了，是计算VDE，然后那么做
[图片]
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2017.01.07 07:26:45
Q:
请问社长，def2QZVPD算能垒会比def2QZVP更可信吗?我用几个方法测试了一下，结果差异并不大。
A:
不会有什么改进的
Q:
另外，请问，使用频率校正因子时，def2-TZVPP和ma-TZVP哪个更接近def2-TZVP的效果呢/呲牙
A:
都差不多
非要说的话ma-TZVP更接近，毕竟弥散函数基本不影响频率校正因子
Q:
最后一个问题，社长，社长，那cc-pVDZ可以代替cc-pVTZ的频率校正因子吗？
A:
不能
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2017.01.07 17:28:47
Q:
请问两个同分异构体之间的能量差在7kcal/mol 这个差值算大吗
一般能量在几个kcal/mol的差值可以忽略呢
A:
一算比例就知道
根据Boltzmann分布计算分子不同构象所占比例
http://sobereva.com/165
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2017.01.07 17:41:55
Q:
sob老师，见一同学问关于拟合PES谱的问题，按照你说的算出垂直电离能，然后利用Multiwfn的UV-Vis
画图，请问，垂直电离能是一个具体的数值，如何构建plain text file 文件？谢谢。
A:
按手册里的格式写就完了
Q:
有没有具体的例子？
不知道自己做的是否正确。
A:
手册就有例子啊
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2017.01.07 17:42:15
Q:
咨询一下，咱们培训班用的gromacs是哪个版本？谢谢指点。
A:
2016.1
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2017.01.07 17:57:20
Q:
请问计算垂直T1和垂直S1能量时候这个值是 01 还是03
[图片]
A:
0 1
Q:
T1和S1都是01？
A:
基态是多少就设多少，显然是0 1
Q:
那绝热S1和T1能量哪？也是01吗？
A:
y
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2017.01.07 18:42:45
Q:
CDA 计算出的轨道贡献出现较大负值（-5%），应该是什么原因？
A:
如果你是指片段轨道对复合物轨道的贡献，如果用了弥散去掉弥散，其它情况是mulliken方法自身的缺
陷所致，群共享里分子轨道成分的计算中谈过
Q:
没有用到弥散函数，不知道怎么才可以解决这个问题
A:
很小的负值就忽略就完了。或者让multwifn输出物轨道向片段轨道的展开系数，自行用SCPA方法求贡献
（系数平方除以所有系数平方和），肯定为正值
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2017.01.07 19:00:42
Q:
[图片]老师这个the information gain该怎么理解?@Sobereva
基于波函数的更多信息？
A:
信息增量
或者信息增益
用Hirshfeld电荷和信息增益研究亲电性和亲核性
http://sobereva.com/257
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2017.01.07 19:18:33
Q:
老师您好，我想问您一下我在频率计算后在gaussianview中打开查看频率的界面后，怎么可以看到每一
个键的频率。或者有什么方法可以导出频率数据。谢谢老师了ʅ(｡Ő౪Ő｡)ʃ
A:
挨个看振动模式，或者此文的方法判断哪个振动模式和那个键伸缩直接对应
Gaussian中分析振动模式成份的关键词freq=intmodes
http://sobereva.com/106
如果那个键和其它内坐标耦合很强区分不开，就没法直接讨论频率
用multiwfn载入高斯freq输出文件，绘制光谱的界面中选-1就直接把所有频率输出到屏幕上了，按手册
5.4节的方式从屏幕一拷就完了。
参考：
使用Multiwfn绘制红外、拉曼、UV-Vis、ECD和VCD光谱图
http://sobereva.com/224
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2017.01.07 20:54:45
Q:
有没有文献讲sigma键的离域性比较小，周期性效应影响不大
A:
根本不需要文献。
丁二烯和丁烷，一端引入一个OH，对另一头的碳的电子结构影响大小，凭基本化学常识都知道
很多想要文献支持的情况，其实往往都是在本科教材里就有的东西
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2017.01.07 21:01:52
Q:
[图片]社长，请问一下，偶极矩不是矢量么，文章为什么就是一个值啊
/呲牙（x,y,z）这种
A:
如果文中没标明朝向，一定是个低水平文章
Q:
我知道输出文件有x,y,z分量，看了一个文章偶极矩就如我截图那样所以有点疑惑
A:
大小只有正值，在某个方向上投影才可能有正负
Q:
偶极矩朝向在频率计算里那个是不是？
A:
单点就完了，算什么频率
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2017.01.07 21:08:54
Q:
大博士，计算含过渡金属的体系的超极化率的时候，是用LanL2TZ+还是def2-TZVPD？
A:
后者，而且也昂贵得多
Q:
只有一个过渡金属
可以尝试一下……
大博士，含过渡金属的体系的超极化率，泛函用cam-b3lyp可以吗？
A:
可以试试
Q:
因为M06-2X不适合含过渡金属的体系
大博士，cam-b3lyp可以用来优化含过渡金属的体系吗？
A:
优化不建议用
Q:
[表情]计算超极化率以及激发态可以？
A:
y
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2017.01.08 01:25:28
Q:
各位大神，我是菜鸟新人，纯化学方面的，最近做荧光方面的内容，关于柠檬酸，草酸等等小分子酸和
铁络合后和不络合受到365nm波长照射其水溶液后分子发生的变化，荧光信号变化，让我用计算化学解释原因
这个有没有人可以帮我
快哭了
一两天实在不知道怎么办
/可怜
没有人回答这个从哪里入手啊
问题是我完全外行，怎么快速入手
从软件，到理论
老板让我做这个我们课题组都没人做
你有软件吗
还是哪里可以下载到
你们装哪个版本
你们~
可以买到吗软件
淘宝啥的
搜得搜多久
jingranmeiyou
竟然没有
不是吧
版权这个要购买吗
这两个软件就不是商业软件了？
我表示放弃学期gamess
肯定学不会
时间比较短
而且
这群里有人愿意合作吗
发文章带二作~只能这样说
影响因子3以上~
急着毕业呢
看来二作没有任何吸引力
贸然接单？
这不是求助吗
互惠互利的事情
RSC还可以花钱投
如果是单位的软件，要是私人接了，那到时候文章出来怎么解释
是不是要老板找私人的那个人的老板沟通一下
那他视什么如命？
就用一点点解释解释
让想办法去弄明白~~~
老板什么时候觉得学生苦了
自讨苦吃又不是讨给自己吃
你说装ORCA
这个对电脑有什么要求吗
一个寒假呢
关键是没人教
现在已经是苗头了
我们错了
合作
~
你说计算那边的合作方大老板都不愿意挂名？
为什么，嫌弃化学实验的太low了？
明白
就跟我老板让我师弟写个中文混毕业，别挂他名一样的道理
~
所以，有没有人可以帮我
可以联系你们大老板
~~~
我老板联系你老板
我放弃自学
哭笑不得
不要啊
那我表示学习
很愿意学习
我看看
我错了
真诚学习
不应该知难而退
sorry
那我现在先下载那个ORCA软件
吧
好哒
我的一个八个小分子酸
还有苯环的呢
还有维生素C
杂环
草酸和柠檬酸是里面最小的酸
计算的时候都按照去掉一个质子后的羧酸根与铁结合后的电子状态计算
对比没有铁的时候
算完估计能跟你们正常交流了
现在完全外行
过程中遇到问题还恳请大家不吝赐教
娃娃上？
谢谢大家
非常感谢
我还没有装软件呢，我先谷歌学术搜了一下
用orca发的文章不是很多，ACS上的几乎没有
springer和elsevier上倒是有点。这个会不会接受度不够高
我错了
最终主要还是要想被接受
好吧
群规都出来了，我错了，我已经触犯法律底线了？
明示
以后保证不犯
这
我也喜欢
/呲牙
我以前是长沙左家垅职业男子技术学校的
嗯嗯
你们都是北京的职业技术学校
哈哈
对呀
我以前就是
各位，刚刚我们老师说，我们单位有老师做分子动力学模拟
有人能帮我解释下这个是什么意思吗[图片]
我从那个老师电脑里考了高斯09
我老师跟那个老师打电话了，刚到他办公室考的软件
在冉庄
安装
这样是不是就可以发了？
额，麻烦再明示
/发呆
那老师购买了呀，他是单位唯一计算的
对呀~
决定权不在我
我只要一作
别的跟我无关
老板说了算，这样我说清楚了吗，可以装G09了吗
还有个GAUSSview5.0
要一起装吗
一个单位不至于吧
[图片]
这个要装吗
嗯嗯
我寻求帮助，知道你是为我好啦
谢谢呢
[图片]
一共三个
[图片]
新人都没资格看，[图片]
装高斯09了啊[emoji]
装高斯09了啊
已经装好了，这里提到的这个手册是什么手册
[图片]
好的
谢谢两位
A:
发信息时候别发得跟流水账一样，刷屏得厉害
仔细看此文
在网上求助计算化学问题时的注意事项
http://sobereva.com/79
以及群共享里群规
并且仔细看
谈谈学量子化学如何正确地入门
http://sobereva.com/355
感觉今日下午“信息量 per 消息”被拉得好低
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2017.01.08 03:59:46
Q:
sob老师，ELF可以显示分子的主要部分吗？（忽悠次要部分）
A:
可以
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2017.01.08 04:21:56
Q:
老师问一下，如何在vmd中构建一个tip4p的纯水的盒子？@Sobereva
现在我有tip4p的psf，pdb，和 top，参数文件
A:
不知道你用什么程序模拟，可以直接把水中的某个原子直接复制一次成为虚原子，然后一优化，虚原子
位置就自动合理了
Q:
namd @Sobereva
A:
做法和gmx那个一样，复制出虚原子位置，一优化就好了
NAMD我不用，具体有无专门做法不清楚
这是gmx里的例子
[图片]
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2017.01.08 05:29:15
Q:
大博士请问 Henchman 和 Essex 提出的 REPD电荷有软件生成吗？
A:
不晓得
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2017.01.08 05:32:56
Q:
您好，我想问一下gromacs中怎么用buckingham势，gromacs中默认的为LJ，手册上说用table，这个
table是在top里面定义还是独立文件？内容是什么？
如果还要把原子加在力场文件里面的话，文献中是buckingham势参数，那epsilon和sigma应该怎么写？
A:
没必要用table，gromacs直接就支持buckingham解析形式，table是给不支持解析形式的势才用的
手册上力场那一章有gmx里buckingham势的形式，并且参考拓扑文件那一章的格式说明来定义
Q:
要加原子的话sigma和epsilon不知道怎么处理呢
非键参数，文献中buckingham是A，C，ρ，好糊涂[表情]
A:
仔细把力场和拓扑文件那两章读一遍
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2017.01.08 05:38:30
Q:
[图片]键长大于4.0后激发态的能量很明显不对,请问各位高手这是什么原因呢?是不是基组够不到了的原
因.tdb3lyp/cc-pvtz
A:
激发能足够
8成是超过4.0后发生对称破缺，此时RKS波函数已经不是基态波函数了
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2017.01.08 05:48:04
Q:
[图片][图片]，老师，如果我想做双描述的，这个参数也是0.01吗？
A:
视实际情况而定，你在图形界面里也可以直接调isovalue，调到让不同区域差异容易区分即可
Q:
不同区域差异容易区分是什么意思？是这些极值点的数值差异吗？[图片]
A:
双描述符要用等值面方式考察，你这图完全不一码事
Q:
这是我用双描述的方法放在分子表面的图
这个0.01参数对这个没影响吗？您4.12.4算例里面福井函数的情况设置了这个参数
A:
这种图显然就没等值面数值的概念了
我是指作等值面图时候，让不同区域等值面大小看起来容易区分，便于判断哪里双描述符大哪里小
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2017.01.08 07:26:59
Q:
[图片][图片]老师，4.12.4将福井函数放在分子表面，在定义分子表面的时候，选择了电子密度等值面
作为分子表面，这是不是要与福井函数中电子密度的设置保持一致。如果双描述中用的是电子自旋密度，分
子表面应该怎么定义？
[图片][图片]老师，4.12.4将福井函数放在分子表面，在定义分子表面的时候，选择了电子密度等值面
作为分子表面，这是不是要与福井函数中电子密度的设置保持一致。如果双描述中用的是电子自旋密度，分
子表面应该怎么定义？[图片]
[图片]
A:
意义不明
不管你把什么函数投影到分子表面，定义分子表面都是用电子密度的等值面，要弄清楚基本思路
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2017.01.08 07:29:34
Q:
Sob老师，您的书啥时候出啊？
A:
不知道
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2017.01.08 08:41:23
Q:
请问用不同的方法生成的resp电荷差距比较大这正常吗？
用ambertool拟合静电荷和用RED 工具计算mep后生成的 N原子部分电荷前者0.3 与 AMBER力场里比较
近似，后者 0.05与opls力场的0比较近似。
A:
别用RED那鬼玩意
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2017.01.08 08:47:21
Q:
问个问题超线程开着影响计算吗？
A:
[图片]
Q:
如果你的程序完美并行，开超线程差不多可以提高30%的性能。
但是事实上做计算的时候核太多并行效率不高，超线程没什么用，有时候还是负面影响。
不过我们这边集群开超线程的话，一个节点28c56t，任务提上去偶尔会有问题。
一个节点提2个28核跑在一个服务器上，有时候A任务会占比如cpu0~17里面的28个逻辑核，B任务会占剩
下28个逻辑核，2个任务跑起来都很慢，原因未知，所以最后我这还是决定关了超线程。
这样的话那和关超线程是一样的，都是当28c28t用的吧。
超线程对于单核性能还是有负面影响的，这样的测试从SNB那代开始就有不少测试了，开超线程，每个物
理核只一个逻辑核也是不如关超线程的。
计算节点后台服务负载非常小的，所以我觉得社长ppt里说不要bios里关超线程有点太绝对了吧。
当然要是一般人买个工作站一边用一边算，这样的肯定是要开超线程的。
A:
绝对不要关超线程，我再次强调！
“有时候A任务会占比如cpu0~17里面的28个逻辑核，B任务会占剩下28个逻辑核”首先这就是严重错误的
用法，完全违背了我图片里说的正确使用情况
就28个逻辑核心，你提交28个线程的并行任务，机子的响应就会被搞得非常慢。如果开了超线程就完全
不会有这种情况
对于一些弱智用户，总共提交2个28线程的并行任务，28c56t和28c28t情况运行效率更可想而知，后者机
子已经快被搞死了
另外，“超线程对于单核性能还是有负面影响的”我从来没听说过有此事，亲测也完全否定了这种说法
。
我笔记本是sandybridge，4核，跑superpi 800万位，开超线程2m35.8，不开超线程2m36.8。HT根本没有
对单核性能带来任何不良影响
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2017.01.08 16:19:50
Q:
老师，辛苦了，静电势图是用来说明什么的？
A:
考察静电相互作用，考察反应、结合位点等
看
电势与平均局部离子化能综述合集
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=219
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2017.01.08 16:27:15
Q:
老师我没有区权利下载附件/尴尬
A:
这种问题显然应该看置顶新人必读了解论坛基本规则
计算化学公社是免费的
Q:
知道了老师
A:
不说全国所有青年计算化学工作者，但起码本群里，所有搞计算化学的，都应当在计算化学公社注册、
平时关注才对
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2017.01.08 16:35:16
Q:
武汉的申请算是泡汤了
明年自己弄一个四核机子，自己弄点课题算算，争取年底考中科院有文章打底
我吃了没文章的亏，大家以我为戒
另外我想租超算，有没有便宜，性能不算差的推荐一下
A:
不如淘宝自己鼓捣个ES CPU的组装机，软件环境随便折腾，不会各种受限
Q:
淘宝的ES版CPU真心便宜，就是不知道和正式版区别大不大？
A:
测试几天，发现有问题退换就完了
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2017.01.08 17:11:08
Q:
G4是什么方法？请问一下？
A:
热力学组合方法，看综述DOI: 10.1002/wcms.59
Q:
请问使用时是不是直接用G4关键词即可？第一次用，不太懂/流汗
A:
y
Q:
请问一下，G4方法对过渡金属元素是不是有些不合适？基组只能取6-31G吗？
A:
基组是G4自己定义的
主要用于主族
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2017.01.08 18:11:12
Q:
请问老师，G09不同的方法相同的基组会对电子态有影响吗，比b3lyp与tpss计算同一个结构得出电子态
一样吗
A:
不同级别不同电子态能量高低不同。因此第n态对于不同级别可能不是同一个态
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2017.01.08 19:31:47
Q:
*
左极限撤回了一条消息@ J
A:
不要在群里发乱七八糟图片
Q:
恩，抱歉，会注意的，
A:
我说的是@左极限
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2017.01.08 21:37:32
Q:
求一篇文献，谢谢http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/chem.201405550/pdf
A:
求sci-hub能下文献一次，违规已记录，扣6分，扣满12分将被移出本群，详见群共享中的群规（含sci-
hub用法）
[图片]
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2017.01.08 21:41:18
Q:
大博士居然看nico
A:
那是bili
logo倒是明显抄袭nico
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2017.01.08 21:53:08
Q:
还有十天见大博士干啥？培训吗？？？
坏淫
是培训吗？
我晕。。猜不到
有培训吗？我要来参加！
怎么群公告没有呢。
谁发一个公社主页？
A:
www.keinsci.com
Q:
谢谢！
A:
链接一直都在群公告里
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2017.01.08 22:36:46
Q:
请问Multiwfn可以计算FED吗？谢谢
A:
可
但我讨厌用这个词
[图片]
根据定义，用Multiwfn现成的功能立马就算出来了，无非就是轨道成分分析而已
谈谈轨道成份的计算方法
http://sobereva.com/131
很简单的概念，一些人非要造一个多余的新词
如果用来讨论反应位点，比这有用得多的方法见
群共享里的文章：亲电取代反应中活性位点预测方法的比较、Comparative study on the methods for
predicting the reactive site of nucleophilic reaction
幻灯片：Predicting reactive sites（http://sobereva.com/234）
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2017.01.08 23:27:34
Q:
[图片]为什么有个"."呢？
A:
因为冒牌论坛会把“计算化学公社”全都替换成那个
所以加个.使之识别不了
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2017.01.09 00:08:57
Q:
各位老师，我把自己电脑上的g09安装包拷给一个学弟，我的电脑上是能正常打开的，他的电脑是
win7,64位，和我的一样，但是他点击setup.exe没有反应，我对比了一下，安装包大小都一样，然后用管理
员身份运行，以及选择兼容模型运行都不行，点击setup.exe没反应，还可能是什么原因你呢？自己是个菜鸟
，对电脑不懂，麻烦各位老师了
A:
先把机子上各种乱七八糟安全程序全都关了，自启动的能关也都关，还不行只能重装系统
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2017.01.09 05:47:23
Q:
谁有高斯手册英文版，给我发一下，谢啦/玫瑰
A:
群共享就有。官网上是最新的
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2017.01.09 05:56:02
Q:
老师，我咨询个Multiwfn用RDG研究弱相互作用的问题，在老师的博文中，为了更好的研究某个区域的弱
相互作用选定了两个原子间，例子中是1与14，但这样做出的图视觉感不好，没有VMD的清晰，我想问一下有
什么方式可以将这种方式的图片导出或者用VMD观看呢
A:
不清楚你的意思。怎么在VMD里绘制博文已经讲得很清楚了。Multiwfn里直接显示的等值面效果肯定不
如VMD
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2017.01.09 07:07:48
Q:
老师，想买台小型工作站做MS，主要是分子动力学和量子力学，dell 3620系列，英特尔[emoji] 至强
[emoji] 处理器 E3-1225 v5 (四核 3.3GHz, 3.7Ghz Turbo, 8MB, 含 HD 显卡P530)，这个集显够用吗？还
是加NVS310或者K620?
老师，想买台小型工作站做MS，主要是分子动力学和量子力学，dell 3620系列，英特尔至强处理器
E3-1225 v5 (四核 3.3GHz, 3.7Ghz Turbo, 8MB, 含 HD 显卡P530)，这个集显够用吗？还是加NVS310或者
K620?
A:
加NVS310或者K620没有丝毫意义，纯属白费钱
如果不用GPU加速，集显足够
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2017.01.09 07:11:01
Q:
老师您好，根据您贴子的步骤，关于RDG平面填色的图[图片]，我做了两个小分子吸附的结构[图片]
，得到的图片显示一片空白
老师您好，根据您贴子的步骤，关于RDG平面填色的图[图片]，我做了两个小分子吸附的结构[图片]
，得到的图片显示一片空白[图片] 请问这可能是哪里出现了问题呢？
[图片] 请问这可能是哪里出现了问题呢？
A:
8成是作图平面设得不合理，弱相互作用区域不在你作图平面上
Q:
不是什么体系我就觉得这个图很炫，想练手玩下
我把三个平面都试了还是不行呢
A:
用三个原子来定义作图平面
而且先确认是否能作出展现相应弱相互作用区域的RDG等值面图来
Q:
RDG 确实可以做出来的[图片]
您说的用三个原子定义作图平面，能否给个参考的链接或说明？@Sobereva
单独用苯环做还是有显示的[图片]
A:
你选择作图平面那一步就有一堆选项，其中有通过三个原子来定义平面的
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2017.01.09 07:44:19
Q:
[图片]
sob老师，第二行的当前目录是指哪儿
A:
这里和手册第二页都说了
将文件快速载入Multiwfn程序的几个技巧
http://sobereva.com/237
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2017.01.09 09:33:45
Q:
大家好，我计算频率的时候，看到开壳层的用MP2计算结果和实验值相差很大，不知道该怎么解释了额/
糗大了
[图片]
A:
普通的MP2本来就不适合开壳层，结果几乎一定没B3LYP好
Q:
这是经验的说法啊，原因呢/可怜
A:
对大多数问题，用MP2纯粹费力不讨好
Q:
correlation的时候有单电子就不好了吗？
A:
容易自旋污染厉害是原因之一
Q:
那还是说明微扰法没法很好的处理多个电子之间的correlation？
A:
根本不是一码事
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2017.01.09 15:19:26
Q:
请教各位如何解决irc不收敛的问题
Maximum number of corrector steps exceeded
A:
仔细看
提问Gaussian问题的注意事项；Gaussian FAQ
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=4829
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2017.01.09 16:19:17
Q:
sob老师，Multiwfn是否可算某个方向的电子动能项
A:
没有直接提供这个功能，但在源代码里加上几行就能实现，极其简单。
具体来说，你在function.f90里，在if (iuserfunc==1100)下面一行加入以下三行
if (iuserfunc==200) userfunc=hamkin(x,y,z,1)
if (iuserfunc==201) userfunc=hamkin(x,y,z,2)
if (iuserfunc==202) userfunc=hamkin(x,y,z,3)
之后你就可以用自定义函数200、201、202考察动能密度在X,Y,Z方向的分量了。是作图还是计算某个点
的数值还是作盆积分之类都随你。
----------------------------------------------------
2017.01.09 16:49:39
Q:
老师，我用MS，是不是用不上GPU加速？
A:
用不上
Q:
自己买专门用做计算的，看了dell 3620系列，处理器 E3-1225 v5 (四核 3.3GHz, 3.7Ghz Turbo, 8MB,
含HD显卡 P530)、16G内存、2T硬盘，是不是就可以了？还需要固态硬盘吗？
A:
可以。
建议买，才几百块钱
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2017.01.09 17:06:59
Q:
大家看这个靠谱吗？
淘宝的
[图片]
这价格。。。
二手，九五成新，可以接受么？
“95成”又没人定义，清个灰都看不出来。个人感觉真要新的还蛮便宜的，真要是二手还是有些利润
电脑水太深，建议到正规部门买正品行货
这要是买配置1，5000块钱就可以买个16核2650的双路服务器了，怎么总感觉不太可能呢
A:
v1的都是白菜价，更何况这主频还低
要从国外运来已经算洋垃圾了
不过穷的话用着性价比很高
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2017.01.09 17:44:40
Q:
各位老师，跑完IRC后前后结构正好相反，这是什么情况呢，有什么解决办法吗？
A:
正常，高斯又不知道哪个是反应物哪个是产物
只能按某个算法自动判断正逆，但和实际不符习以为常
要自己想产生IRC时明确指定正逆方向，IRC里用phase关键词
----------------------------------------------------
2017.01.09 17:50:46
Q:
sob老师，您好，我想算ESP电荷，可是一直出错，您能帮我看看输入文件哪里错了吗
A:
单步都没跑通弄成两步干嘛
Q:
什么意思老师，是后面先不算单点能吗
A:
一个任务一个输入文件老老实实弄
第一个任务根本都没定义原子半径怎么可能正常结束
Q:
是把Link 1部分去掉，然后在第一个任务下加原子半径是吗
A:
y
Q:
[图片]
老师，从新算是这个错误，这是什么问题
A:
自定义基组和半径定义的顺序不对，前后可能反了
----------------------------------------------------
2017.01.09 18:33:14
Q:
请教一个问题计算一个反应的过渡态时想考虑溶剂化效应，是否可以先在气相下优化好构型后计算单
点时加上溶剂化，还是在优化时就应该加溶剂化？谢谢
A:
通常无所谓，影响不大。鉴于隐式溶剂模型下优化只多增加百分之20左右时间，想保险就优化也加
----------------------------------------------------
2017.01.09 18:56:51
Q:
请问一下各位老师，老师出现这种错误是不是我的基组选错了？
[图片]
A:
只对前四周期有定义
Q:
*
何嘉骆撤回了一条消息@ J
A:
详解Gaussian中混合基组、自定义基组和赝势基组的输入
http://sobereva.com/60
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2017.01.09 20:20:17
Q:
请教个问题，优化含过渡金属体系，什么时候用SDD，什么时候用lanl2dz？
A:
想省钱用后者，想精确用前者
Q:
请教一下，高斯优化时直接输入Sdd 赝势基组，默认的是大核赝势还是小核赝势呢？
A:
看手册pseudo关键词，写着SDD默认对应什么情况
Q:
小核
A:
SDD此说法是不对的。高斯内置的SDD对于主族只有大核，作者官网上才有主族的小核
----------------------------------------------------
2017.01.09 22:17:36
Q:
老师，是仅仅删除压缩包就可以吧？看视频解压后的目录并没有删除呢。
A:
解压目录不用删，照视频操作就行，文档中笔误
----------------------------------------------------
2017.01.09 22:19:30
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
五点半可能完不了。不过靠后的重要性低一些，着急走也行
----------------------------------------------------
2017.01.09 22:30:46
Q:
我想请问一下gaussian计算出来的偶极矩问题[图片]黄色画出来的三个偶极矩为什么不一样呢，还是是
不一样的量啊？
A:
[图片]
----------------------------------------------------
2017.01.09 22:42:46
Q:
有的过渡态跑IRC出来结构是相反的，sob老师说家phase关键词，具体关键词是什么
A:
[图片]
Q:
明白了，谢谢sob老师
sob老师，若是协同振动应该怎么设置
A:
指定其中一个坐标
正逆根本就无所谓，双方向发现跑出来是反着的，你播放时候反过来播放不就完了
而且gv的IRC绘图界面里也可以左右对调
----------------------------------------------------
2017.01.09 22:49:39
Q:
[图片]这种irc算震荡吗？直接掉入谷底啊，是不是我应该把向前和向后分开run一下试试呢？求教/握手
[图片]这种irc算震荡吗？直接掉入谷底啊，是不是我应该把向前和向后分开run一下试试呢？求教[表情
]
还没算完
A:
都算完了再看
Q:
是体系的问题，每次走几步就断了，任凭你修改步长也不好用，重新找到的过渡态还是一样
SOB老师的PPT看过好多次了
其实，我一直觉得福井先生搞得这个是有缺陷的，但是我不懂算法，只是瞎猜 sob老师有什么意见？为
什么IRC断掉的几率远比优化多得多？
A:
不是IRC原理的问题，是走IRC的数值算法问题，福井无故中枪。要赖应该赖高斯负责这块算法的
schlegel
----------------------------------------------------
2017.01.09 23:12:35
Q:
请问各位老师，cc-pwvdz和cc-pwvtz属于ANO（Atomic
Natural Orbitals）类型的基组吗？
A:
不属于
Q:
好的，谢谢Sob老师。
老师，那只有前面有ANO-的基组，比如[图片]，才属于ANO系列的基组，对吗？
A:
y
----------------------------------------------------
2017.01.09 23:43:15
Q:
老师，请问6-311+G(d)与may-cc-pVDZ来计算IP，EA，哪个更加合适？
A:
这不好比。而且还看有没有氢
Q:
并苯类分子
我准备使用LC-wPBE泛函
A:
前者更好的可能性更大
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2017.01.10 00:58:16
Q:
请问计算阴离子在水溶液中的频率下面哪种方法好
1、b3lyp/6-31G* opt freq + 频率校正因子
2、b3lyp/6-31+G* opt freq + 频率校正因子
3、b3lyp/6-31G* SCRF = SMD opt freq + 频率校正因子
4、b3lyp/6-31+G* SCRF = SMD opt freq + 频率校正因子
A:
4最完美，但如果耗时太高可以去掉弥散
----------------------------------------------------
2017.01.10 02:51:31
Q:
请问一下各位老师，在计算tddft后怎么找过渡态和过渡态的相关信息，比如电子分布由donor到
acceptor的过渡态？谢谢
在太阳能电池中，我计算了tddft后，需要找到电子从donor激发到acceptor上，需要找出有哪些激发态
？
在太阳能电池中，我计算了tddft后，需要找到电子从donor激发到acceptor上，需要找出有哪些激发态
，请问怎么找？谢谢老师@Sobereva
A:
P. Tian 用multiwfn的electron-hole分析功能，挨个看激发态的electron-hole图，判断哪些激发态是
你想要的CT态。过程看手册4.18.1节的例子
----------------------------------------------------
2017.01.10 05:06:54
Q:
老师：您好！这个是一篇文章中的PDOS图，感觉和用Multiwfn做出来不一样，这篇文章用PDOS来研究磁
性[图片]，请问，如果用Multiwfn做出来，该怎样看呢？谢谢！[图片]
A:
multiwfn对开壳层体系作DOS图可以选择考虑哪种自旋，你把alpha和beta分别绘制出来，并且导出曲线
数据，然后放到origin里作到一张图上，并且把beta的数据都乘上-1来让上下颠倒即可
Q:
老师:您好！如果是闭壳层呢？
A:
闭壳层图上就不分上下了
Q:
嗯，对于闭壳层来说，是否也有顺磁性和反磁性之说呢？
闭壳层一定是反磁的吧
顺磁和反磁，印象中，是电子的自旋……，感觉似乎不一定
DOS和磁矩有什么关系呢，求指导下
A:
应该说是抗磁的
Q:
[emoji]一直以为抗磁和反磁是一个意思
一直以为抗磁和反磁是一个意思
A:
不一码事
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2017.01.10 07:15:08
Q:
老师，您好，打扰您了，我是计算过渡金属配合物的可逆吸放氧结构的，其构型是过渡金属-氨基酸-氧
气或者水，因为其中含有有机物，晶体一直没有养出来，我们在做实验过程中，其实就是一锅法，有明显的
实验现象，然后我现在用DFT进行模拟这个过程，这个过程主要是形成配合物，因为没有晶体参数，我就自己
构筑的构型，当然是在文献以及常理的基础上，现在，我就想问老师您，我这样去模拟这个过程是否合理？
是不是计算结果和实验数据吻合就可以说明这个过程是正确的？
A:
@ ~踩着青春奔跑~ 是
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2017.01.10 10:58:42
Q:
LiYuanhe (整理Q&A)撤回了一条消息
A:
重口味
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2017.01.10 16:15:51
Q:
请问水结冰怎么模拟出来，慢慢降低温度？有没有老师试过玩玩
A:
用合适的水模型，比如TIP4P-ice，体系中放个冰种，在低温做长时间模拟，就能看到冰长大。youtube
上记得有视频。
如果外加电场则结冰会很快。
----------------------------------------------------
2017.01.10 16:46:31
Q:
老师，我参照Multiwfn手册3.7.3节的办法，先自己计算wfn然后复制到atomwfn文件夹中，但还是没能
调用。在运行Multiwfn时还是提示要求计算。还有其他设置吗？
我想算CsOH，其中Cs原子序数太大，需要自己计算波函数，我已经按照手册中的方法计算好了。
A:
你放的位置估计不对。multiwfn会在“当前目录”下的atomwfn目录中找原子波函数文件，而且原子波函
数文件名字一定要对
Q:
Cs的原子波函数名称为Cs .wfn，“当前目录”是指fchk所在的目录？
我现在就是这样的，开始时放在examples/atomwfn下也试过。
A:
必须是Cs.wfn，不能是Cs .wfn，你看自带的波函数文件就知道了[图片]
显然不能放在examples/atomwfn，程序不可能在这里面找
Q:
我看手册上有一个空格，我就留了一个空格，我改过来试试
A:
目的是让文件名是两个字符
Q:
哦，手册中确实是一C .wfn为例的，
老师，谢谢你，现在已经能够自己输入波函数计算了。
但得到的结果是这样的：[图片]
A:
你先试着跟轻元素的情况对比试图弄清楚原因，现在超忙实在没时间具体看，我得等20号gromacs培训
班结束后才有时间
----------------------------------------------------
2017.01.10 17:02:53
Q:
请问我在计算过渡态的时候，初态和末态结构必须要优化吗
A:
QST2/3并不要求优化
Q:
请问用linear transit，结构需要优化吗
A:
LST根本没人用
高斯也不支持
----------------------------------------------------
2017.01.10 17:09:49
Q:
请问老师，如果计算Ag团簇对CO的吸附，需要去计算CO的频率，这个频率指什么，是整个团簇的freq吗
，如果不是的话，请问如何去计算它
A:
算整个的，其中有一个会明显对应CO振动
----------------------------------------------------
2017.01.10 17:13:54
Q:
老师：您好！用multiwfn做出的图，[图片]，直接放到文章中，那些数字会很小，不清晰，请问
multiwfn中是否可以直接调？谢谢！@Sobereva
A:
没法直接调
----------------------------------------------------
2017.01.10 17:22:45
Q:
老师我做外迭代后想读取chk里的溶剂信息，之后告诉我出错信息是Z-Matrix taken from the
checkpoint file
是不是因为我关键词的geom=check 而我又在输入文件中写了坐标呢？请求指导，网上说删除分子坐标
，但是我不确定
A:
删
----------------------------------------------------
2017.01.10 17:45:12
Q:
请问一下各位我计算极化率multiwfn显示是这样的[图片]选择7之后[图片]显示为这个，与SOB老师写的
显示内容不一致，不知道哪里错了
A:
7显然不是算极化率的
主功能200里的7才是
主界面选的是主功能
----------------------------------------------------
2017.01.10 17:47:20
Q:
请问老师用Multiwfn如何做ELF电子离域呢？
A:
这问题不明确
作图、盆分析还是拓扑分析等等
作图看
电子定域性的图形分析
http://sobereva.com/63
和手册4.3、4.4、4.5节的例子
----------------------------------------------------
2017.01.10 17:53:41
Q:
请问有谁用amber做过rdf以及配位数的计算吗？如果有人做过，能不能教教我呀？先谢谢大家了
A:
amber官网一大把教程，看了就会了
Q:
我去官网里找了，好像没有找到做rdf的
A:
看手册呗，无非就一条命令，搜搜总能找到。何况你在VMD里还能用自带的rdf插件，比敲命令更方便
----------------------------------------------------
2017.01.10 18:14:11
Q:
请问如何将台式机上配置好的vmware虚拟机，转移到笔记本电脑上？以便到时带去会场学习。谢谢！
A:
直接把虚拟机的文件夹拷过去，在笔记本上载入，看是否能正常运行
----------------------------------------------------
2017.01.10 18:21:31
Q:
老师，在太阳能电池中，我计算了tddft后，需要找到电子从donor激发到acceptor上，需要找出有哪些
激发态，请问是不是要从每一个激发态的输出模式挨着找？有没有直接输出结果全部显示出来的？谢谢老师
A:
从低往高找
Q:
只能一个一个挨着找？谢谢老师
A:
y
----------------------------------------------------
2017.01.10 18:32:42
Q:
向各位前辈请教一个问题，高斯溶剂效应里面有酸碱性效应设置吗？
A:
无
Q:
或者说高斯可以模拟酸碱性条件吗
sober老师，高斯现在没有这一功能是吧？
A:
恰当设定质子化态，恰当放置质子、氢氧根来体现
不是高斯没这功能，是你对量化的原理的理解不对
----------------------------------------------------
2017.01.10 18:49:29
Q:
各位老师，能否分享下有关分子团簇类的综述文章，谢谢
A:
dx.doi.org/10.1021/cr4006632
[图片]
----------------------------------------------------
2017.01.10 18:50:59
Q:
请问老师Multiwfn闪退后会保存文件么，设置保存txt[图片]但是里面没有东西
A:
你的输入文件或操作不对，显然什么也没输出
----------------------------------------------------
2017.01.10 19:20:27
Q:
[图片]
您好，请问这样的积分图形，应该怎么看呀？@心如止水
这样表示的配位数是几呢？
A:
积分曲线某个位置的值乘上平均数密度才是
统计配位数这种事，简单情况就写个tcl脚本就完了，也就十行的事
----------------------------------------------------
2017.01.10 19:45:19
Q:
运行sobMECP程序时，[图片]，没有几步就结束了？是不是因为两个态能量差别大还是啥原因？
A:
不好说
差别大不会导致结束
Q:
我测试了例子，没有问题。但是一到我自己的任务，就是跑了几步就end了。
如果任务运行的话，是不是单节点上top都能看到任务？
A:
y
----------------------------------------------------
2017.01.10 20:39:14
Q:
[图片]
请问这个报错如何解决？谢谢。
我的输入文件是
[图片]
去掉输入文件里的pal2可以正常计算，但是就是无法并行。
执行ORCA是用的绝对路径
[图片]
我openmpi安装好以后按照openmpi安装教程里说的那样测试运行mpirun -np 4 hello-c，显示结果是所
期望的
[图片]
openmpi应该是安装成功了。
[图片]
请问这个报错如何解决？谢谢。
我的输入文件是
[图片]
去掉输入文件里的pal2可以正常计算，但是就是无法并行。
执行ORCA是用的绝对路径[图片]
我openmpi安装好以后按照openmpi安装教程里说的那样测试运行mpirun -np 4 hello-c，显示结果是所
期望的
[图片]
openmpi应该是安装成功了。
A:
在LD_LIBRARY_PATH环境变量里把openmpi的lib目录加进去
Q:
是vi .bashrc然后加上
[图片]吗？之前我已经加上了
A:
确认当前echo $LD_LIBRARY_PATH能显示对路径，而且那个路径里面确实有提示要的文件
orca御用的是1.6.5版
----------------------------------------------------
2017.01.10 21:36:12
Q:
[图片]
我按照第二步骤，点完安装，说啥都是黑屏，怎么办呢？
默认是这个。不对么？
A:
[图片]
----------------------------------------------------
2017.01.10 22:21:19
Q:
[图片]
老师，我这机器是WIN 10系统，出现这个错误，是不是不行啊？
A:
BIOS打开VT
----------------------------------------------------
2017.01.10 22:31:14
Q:
请教各位，有哪位知道Mayer键级如何得到？
A:
用Multiwfn计算，看手册4.9.1节的例子
----------------------------------------------------
2017.01.10 23:34:27
Q:
请问一下有没有做有机太阳能电池模拟计算的同胞？我想请教几个问题，谢谢。
在太阳能电池中，我计算了tddft后，需要找到电子从donor激发到acceptor上，需要找出有哪些过渡态
，请问怎样找出过渡态？
老师要我找的
A:
[图片]
----------------------------------------------------
2017.01.11 00:25:15
Q:
请问各位老师，我一直不太懂lanl2dz这种基组，定义的lanl2DZ指对第一周期元素使用D95V全电子基
组,Los Alamos ECP plus DZ on 对Na以后的元素才是内层电子使用Los Alamos ECP赝势,外层电子用DZ基组
，我算一个含有过渡金属Fe的体系，如果我不只对Fe使用lanl2dz赝势，而是对所有原子都使用lanl2dz基组
，就是说不对Fe使用genecp读入赝势的话，那对于Fe到底具体用的是啥基组呢？
A:
直接写诸如B3LYP/lanl2DZ，此时对Fe就是lanl2DZ赝势基组+lanl2赝势
----------------------------------------------------
2017.01.11 00:26:19
Q:
请问Linux下怎么解开 zip文件
unzip ?
A:
图形界面里直接用右键选解压就完了
----------------------------------------------------
2017.01.11 03:58:12
Q:
老师[图片]这个问题解决了，新的问题是，NBOlog文件中的轨道作用，和轨道图对应不上,？
但是现在问题是，轨道图和log的结果不对应呢？
A:
如果用了弥散函数，别用弥散函数
NBO plot文件里的编号和输出文件里就是对应的
Q:
好的,我知道了谢谢老师，但是为什么加了弥散就不对应呢@Sobereva
A:
会自动删除高度线性依赖的基函数
Q:
哦哦那我明白了所以就会导致基函数少于轨道数了
老师，也就是说ＮＢＯ分析的话，尽量不要用弥散函数对吗
A:
没报错就可以用，但用不用对NBO分析精度基本没影响，所以用了只是白费时间
而且用了弥散的时候，有时候会出一些怪问题，还导致有时候Multiwfn无法正确读入NBO的输出信息
Q:
老师，ＮＢＯ计算去掉弥散函数还是结果和轨道图还是不能对应上，有可能是由于开窍计算的原因吗＠
Sobereva
A:
只可能你没正确读取编号，诸如alpha和beta编号搞混了
Q:
ＮＢＯ结果怎么区分是alpha和beta？ｍｕｌｔｉｗｆｎ怎么来读取alpha和beta呢，
我看不出差别呢
A:
NBO分别对总密度、alpha密度、beta密度计算三次，输出三遍，这里NPA相关部分说了
谈谈自旋密度、自旋布居以及在Multiwfn中的绘制和计算
http://sobereva.com/353
multiwfn刚载入文件时候屏幕上就明确提示了哪些轨道范围对应alpha哪些对应beta
----------------------------------------------------
2017.01.11 04:03:21
Q:
老师，我咨询下用RDG描述弱相互作用时，博文中您给的例子是这样的[图片]而我用自己的分子画出来是
这样的[图片]，虽然也可以看出这个地方存在氢键，但成键区域也显示出来了，是哪个过程出问题了呢
偶，我以为之前的是0.5就改成0.5了，以前是0.05啊，那我试一下，谢啦
[图片]依旧是这样呢
[图片]我是根据sob老师，这个例子来的
散点图是这样的[图片]
A:
settings.ini改完之后必须保存，重新启动multiwfn才生效。默认是0.05，没事别改这个
----------------------------------------------------
2017.01.11 04:18:11
Q:
[图片]为什么这个东西放到multiwfn中计算光谱出错了呢
A:
文件发给我
----------------------------------------------------
2017.01.11 04:37:04
Q:
请问g09能不能用mpirun实现并行？
A:
程序是用linda+openmp并行的，和MPI没丝毫关系
----------------------------------------------------
2017.01.11 05:04:28
Q:
老师，Multiwfn调用Gaussian计算原子波函数时自旋是如何判断的？
A:
默认的对计算原子波函数文件的自旋多重度设置规则见
使用Multiwfn作电子密度差图
http://sobereva.com/113
----------------------------------------------------
2017.01.11 07:59:16
Q:
[图片]求问，为什么选择原子不可读呢，是xyz文件格式有问题么？
A:
element Au
----------------------------------------------------
2017.01.11 15:51:17
Q:
请教各位，结构优化完的HOMO轨道出现在烷基链上，是什么原因？老师怎么看？
[图片]
A:
出现就出现呗
不想显示出来可尝试把等值面数值调大到比如0.4、0.5
----------------------------------------------------
2017.01.11 16:17:59
Q:
[图片]
synaptic basins指的是那个位置
A:
盆是一块区域。用Multiwfn做ELF盆分析就能观看各个盆的区域
Q:
我上面这个图就是elf分析的图，老师
A:
你这是平面图，不是ELF盆分析
使用Multiwfn做电子密度、ELF、静电势、密度差等函数的盆分析
http://sobereva.com/179
----------------------------------------------------
2017.01.11 16:32:28
Q:
请问现在sci-hub还能用吗？我这里能打开网站，不能下载文献了。
能下载
好的谢谢老师
给个网址
好几个都不能用
.bz .cc
A:
看群规，群规里的sci-hub地址从来都能用，不能用还怎么给求sci-hub能下文献的人扣分
----------------------------------------------------
2017.01.11 16:33:38
Q:
请问老师，使用G09如何通过TS的频率知道键的断裂与生成，它的判断依据是什么
A:
根本没直接联系
TS对应的反应涉及什么键形成和断裂，走个IRC就完了
----------------------------------------------------

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