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标题: 求助怎么计算每个水分子的氢键数 [打印本页]

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Author: whyu 时间: 10 hour ago
标题: 求助怎么计算每个水分子的氢键数
各位老师好，我想要计算每个水分子上的氢键个数。体系纯spce水体系，体系中共2197个水分子，周期性边界条件。
我使用lammps跑的模拟，因为是周期性边界条件，用vmd计算的值偏低。所以用chimerax统计氢键个数，共找到14574个氢键。
求每个水分子上的氢键个数是14574/2197=6.63吗还是14574/2/2197=3.316？应用vmd计算求每个水分子氢键个数是氢键数*2/水分子个数，不太清楚chimerax是否也是这样计算

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Author: 牧生 时间: 10 hour ago
14574/2/2197=3.316才是对的。比如两个水分子形成一个氢键，但是计算的是A水分子1个氢键，B水分子1个氢键，结果就是2个氢键，但这两个实际应该是1个。

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Author: whyu 时间: 10 hour ago

牧生发表于 2024-11-27 11:24
14574/2/2197=3.316才是对的。比如两个水分子形成一个氢键，但是计算的是A水分子1个氢键，B水分子1个氢键， ...

好的谢谢

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Author: sobereva 时间: 5 hour ago
另外注意VMD不考虑跨盒子的氢键，之前论坛里我已经说过多遍。纯水盒子强烈建议用GROMACS跑，不仅远快于lammps，还直接自带了gmx hbond工具可以直接计算氢键数目，且考虑了跨盒子的氢键。

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