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标题: COF分子动力学模拟模型构建的疑问 [打印本页]

作者
Author: yolo-blossom 时间: 2024-11-27 14:36
标题: COF分子动力学模拟模型构建的疑问
老师们好我目前想利用GROMACS模拟一个COF结构和一个蛋白，我从COF的数据库获得了这个COF结构的单体，如下图一。然后也利用了PACMAN生成了单体每一个原子的原子电荷、利用sobtop生成了COF的力场参数、利用Multiwfn将COF的cif文件也转换为了PDB文件。但是现在我有一个问题，就是我该如何通过这个COF的单体cif文件来构建如下图二这样的周期性的COF PDB文件或者GRO文件，从而利用GROMACS进行分子动力学模拟
图片一：
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图片二：
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作者
Author: sobereva 时间: 2024-11-27 15:52
用Multiwfn载入cif，用下文提到的功能扩胞，导出gro文件就完了。也可以用gview、VESTA等程序扩胞，然后再用Multiwfn转换格式成gro
Multiwfn中非常实用的几何操作和坐标变换功能介绍
http://sobereva.com/610（http://bbs.keinsci.com/thread-24674-1-1.html）

作者
Author: yolo-blossom 时间: 2024-11-27 16:14

sobereva 发表于 2024-11-27 15:52
用Multiwfn载入cif，用下文提到的功能扩胞，导出gro文件就完了。也可以用gview、VESTA等程序扩胞，然后再用 ...

非常感谢卢老师我明白如何操作了

作者
Author: slxc920113 时间: 2024-11-27 16:24
用AuToFF的MOF/COF模块

作者
Author: yolo-blossom 时间: 2024-11-27 20:52

sobereva 发表于 2024-11-27 15:52
用Multiwfn载入cif，用下文提到的功能扩胞，导出gro文件就完了。也可以用gview、VESTA等程序扩胞，然后再用 ...

卢老师，我目前已经通过Multiwfn成功的对COF的cif文件进行了扩胞操作，得到了输入的pdb文件
接下来就是和蛋白结合进行分子动力学模拟了，然后我进行了以下操作：
gmx insert-molecules -f DMTP-box.gro -ci 2b4z.gro -nmol 1 -o merged.gro
gmx solvate -cp merged.gro -cs spc216.gro -p topol.top -o solvated.gro
gmx grompp -f MDP/ions.mdp -c solvated.gro -p topol.top -o ions.tpr -maxwarn 10
gmx genion -s ions.tpr -o b4em.gro -p topol.top -pname NA -nname CL -conc 0.15
但是当我向体系中添加溶剂离子的时候，运行结束以后体系结构出现了下图这种异常的断裂，请问这是什么原因导致的呢
相关文件见附件

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作者
Author: sobereva 时间: 2024-11-28 11:47

yolo-blossom 发表于 2024-11-27 20:52
卢老师，我目前已经通过Multiwfn成功的对COF的cif文件进行了扩胞操作，得到了输入的pdb文件
接[/backcol ...

先确保真空下能正常计算
并且确保坐标文件和拓扑文件的对应关系

作者
Author: slxc920113 时间: 2024-11-28 13:03
你需要先把晶胞转成正交的

作者
Author: yolo-blossom 时间: 2024-11-28 14:58

sobereva 发表于 2024-11-28 11:47
先确保真空下能正常计算
并且确保坐标文件和拓扑文件的对应关系

好的卢老师谢谢

作者
Author: yolo-blossom 时间: 2024-11-28 14:58

slxc920113 发表于 2024-11-28 13:03
你需要先把晶胞转成正交的

OK 谢谢我再试试

作者
Author: yolo-blossom 时间: 2024-11-28 16:08

sobereva 发表于 2024-11-27 15:52
用Multiwfn载入cif，用下文提到的功能扩胞，导出gro文件就完了。也可以用gview、VESTA等程序扩胞，然后再用 ...

卢老师，我现在是像您说的那样尝试现在真空下进行模拟，我当前的操作流程是这样的：
首先通过Multiwfn读取COF的cif文件，然后通过300  //其它功能（Part 3）、7  //对当前体系做几何操作、19  //平移复制晶胞超胞操作，生成保存了我需要的超胞pdb文件
然后通过Gaussian读取COF单胞cif文件，保存为COF单胞mol2文件，并且手动在mol2文件的底部写入了晶胞的信息
再通过sobtop读取COF单胞mol2文件，首先读取了PACMAN生成的原子的原子电荷，再选择1 //产生拓扑文件、2 //指认GAFF类型，缺失的用UFF的、4 //用预置的力场参数，缺失的自动猜
这样生成的结果上面也显示了下图1中的缺失部分，然后我对缺失的dihedral types在bonded_param.dat文件中筛选出了类似的项，并做了替换，写入了bonded_param.dat中，再次运行sobtop，将缺失的都补上了。（替换为ca-ca-ce-ne选择X-ca-ca-X,ca-ca-ce-h4选择X-ca-cp-X）。通过这些操作生成了itp文件和top文件。
最后通过gmx editconf -f DMTP.pdb -o DMTP_vacuum.gro -bt cubic -d 1.0
gmx grompp -f md_PBC.mdp -c DMTP_vacuum.gro -p DMTP.top -o md.tpr -maxwarn 3
gmx mdrun -v -deffnm md进行真空下模拟，
但是在grompp 阶段还是出现了下面这个error
ERROR 1 [file md_PBC.mdp]:
  The largest distance between excluded atoms is 3.810 nm, which is larger
  than the cut-off distance. This will lead to missing long-range
  corrections in the forces and energies.
请问老师这是什么原因呢，我需要在那一步再做优化调整，相关文件见附件
图片一：
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作者
Author: 1601452201 时间: 2025-9-11 21:47

yolo-blossom 发表于 2024-11-28 16:08
卢老师，我现在是像您说的那样尝试现在真空下进行模拟，我当前的操作流程是这样的：
首先通过Multiwfn读 ...

最近在建模过程中也遇到了类似的问题，出现这种问题主要是某些原子之间建立了很长的化学键，即建模不合理，建议在正式计算之前好好检查下建模文件。

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