计算化学公社

标题: 请教各位老师关于TEMPO自由基计算的问题 [打印本页]

作者
Author: Fencros7y 时间: 2024-11-28 09:43
标题: 请教各位老师关于TEMPO自由基计算的问题
本帖最后由 Fencros7y 于 2024-11-28 09:55 编辑

各位老师好，最近我尝试优化TEMPO自由基小分子的得失电子状态的结构（如附件图所示），发现opt之后N和O原子会跑开非常远。

由于是个计算菜鸟很少接触自由基的计算，自旋方面的设置也不太确定，希望各位老师能帮忙看看问题所在，十分感谢~

（log文件单个上传不了所以放压缩包了）

作者
Author: wzkchem5 时间: 2024-11-28 13:54
必须加色散校正，必须加溶剂模型

作者
Author: Accelerator 时间: 2024-11-28 14:04
告诉我，sp3-C是什么几何构型？

作者
Author: imasen 时间: 2024-11-28 15:04
单纯初始结构太烂了，xtb都能跑出来合理的结构 (, 下载次数 Times of downloads: 9)

作者
Author: Fencros7y 时间: 2024-11-28 16:42

wzkchem5 发表于 2024-11-28 13:54
必须加色散校正，必须加溶剂模型

感谢王老师~

作者
Author: Fencros7y 时间: 2024-11-28 16:46

Accelerator 发表于 2024-11-28 14:04
告诉我，sp3-C是什么几何构型？

感谢老师，我在chemdraw画完之后拖到gaussview点了一下clean就直接算了，原来初始结构太离谱opt是救不回来的

作者
Author: Fencros7y 时间: 2024-11-28 16:51

imasen 发表于 2024-11-28 15:04
单纯初始结构太烂了，xtb都能跑出来合理的结构

感谢老师回复，已经下载了您优化的结构去试试了。

新手还没接触过xtb，请问是sob老师 http://sobereva.com/421 这篇博文里介绍的方法吗，是不是试用于初始结构的搜索呢

作者
Author: imasen 时间: 2024-11-28 16:54

Fencros7y 发表于 2024-11-28 16:51
感谢老师回复，已经下载了您优化的结构去试试了。

新手还没接触过xtb，请问是sob老师 http://sobereva ...

是的，直接使用xTB去算就行了，不需要联用那部分的操作，常规的有机分子做DFT几何优化前用xTB先跑一下能节约很多时间，xTB优化也就几秒钟。

作者
Author: Fencros7y 时间: 2024-11-28 16:59

imasen 发表于 2024-11-28 16:54
是的，直接使用xTB去算就行了，不需要联用那部分的操作，常规的有机分子做DFT几何优化前用xTB先跑一下能 ...

好滴，学到了，感谢老师耐心的回复

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