计算化学公社

标题: gaussian几何优化后的结构想导入到MS中做动力学，用out还是chk格式文件导入是合理 [打印本页]

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作者
Author: ghost航航170    时间: 2024-11-28 18:33
标题: gaussian几何优化后的结构想导入到MS中做动力学，用out还是chk格式文件导入是合理


我是先用gaussian做的几何优化，把算出的结构导入到MS中做分子动力学模拟。构建的模型是咪唑基离子液体的阳离子聚合链，用chk文件转换为mol文件导入到MS中可以正常进行forcite几何优化，但是整个分子净电荷为0，该带正电荷的N原子的formal charge也显示的0；用out文件转换为mol文件导入到MS中用forcite做几何优化就显示错误了，错误内容如下（分配了力场也不行）：


Automatic charge group calculation failed.
No charge groups have been calculated.
The particles that are being considered for a charge group are not charge neutral.
The absolute net charge is 0.9998 and it should be less than 0.1
Unable to calculate energy and gradients.
Geometry optimization finished with an error condition.



有哪位大佬知道这是怎么回事吗？非常感谢！

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作者
Author: sobereva    时间: 2024-11-28 18:54
重新编辑标题，别用汉语拼音，避免拉低论坛风貌

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作者
Author: sonne    时间: 2025-7-2 17:19
您好，我最近刚刚接触MS，有个问题想请教一下，我将Gaussian几何优化后的分子以mol2格式保存，导入至MS的project项目栏中，但是amorphous cell的计算模块搜不到，我查询资料了解到原因是文件未被识别为分子组件，请问您了解如何解决吗？

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