计算化学公社

标题: ZIF材料在VMD中的Zn-N键不成键 [打印本页]

作者
Author: abing 时间: 2024-11-29 09:51
标题: ZIF材料在VMD中的Zn-N键不成键
各位老师，我在构建ZIF模型的时候，下载了CCDC中的cif文件并在gview里面修改了不合适的键。保存为mol2文件，mol2文件导入VMD中结构是正常的，就像这样
[attach]102587[/attach]

但是在VMD中保存为pdb文件后Zn原子和N原子之间的键就自动消失了。看到sob老师的博文中写过VMD判断键的方式是距离要小于两个原子半径之和的0.6倍。
VMD中Zn原子半径是1.5 A，N原子半径是1.34 A，两个原子之间的距离是1.99 A，已经大于半径之和的0.6倍了。是这样原因导致的嘛。
有老师知道怎么在PDB结构中让这个键显示出来吗
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作者
Author: xsc6 时间: 2024-11-29 18:51
你做图时候自己给他连起来不就可以了么

作者
Author: abing 时间: 2024-12-1 14:11

xsc6 发表于 2024-11-29 18:51
你做图时候自己给他连起来不就可以了么

但是少了一个键的话，在计算过程中就少了很多键和二面角的信息，结构就不对了呀。

作者
Author: lyj714 时间: 2024-12-1 16:02
0.6倍标准是针对那些没有提供成键信息的结构文件，mol2文件一般有键的信息，所以不管多远在vmd中都会显示。考虑用MS一类的软件保存pdb应该会保留成键信息，如果后续软件需要的话。

作者
Author: abing 时间: 2024-12-1 18:00

lyj714 发表于 2024-12-1 16:02
0.6倍标准是针对那些没有提供成键信息的结构文件，mol2文件一般有键的信息，所以不管多远在vmd中都会显示。 ...

谢谢老师我去尝试一下

作者
Author: sobereva 时间: 2024-12-2 04:37

abing 发表于 2024-12-1 14:11
但是少了一个键的话，在计算过程中就少了很多键和二面角的信息，结构就不对了呀。

计算牵扯的拓扑关系和可视化程序显示的是两码事
不管用pdb格式载入VMD时是否显示键，诸如你把成键关系正确的mol2提供给sobtop产生拓扑文件，照样得到的拓扑信息里有会相应的bond项、GROMACS计算时会考虑

作者
Author: abing 时间: 2024-12-2 17:21

sobereva 发表于 2024-12-2 04:37
计算牵扯的拓扑关系和可视化程序显示的是两码事
不管用pdb格式载入VMD时是否显示键，诸如你把成键关系正 ...

谢谢sob老师

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