计算化学公社

标题: POSCAR表面吸附固定下层原子的问题 [打印本页]

作者
Author: leixiaocui 时间: 2024-11-29 15:32
标题: POSCAR表面吸附固定下层原子的问题
MS新手，最近在POSCAR表面吸附固定下层原子问题上，从网上浏览解决办法，下载了赵焱老师课题组发布的一个脚本，可以很容易的固定原子，但是用完之后发现晶格参数跟vesta的不太一样，尤其图上的poscar的3-5行，希望大佬能忙解答？
同时我也怀疑是因为坐标轴没按标准对齐的问题，但不确定。

作者
Author: chever 时间: 2024-11-29 15:46
试试vaspkit

作者
Author: leixiaocui 时间: 2024-11-29 15:48

chever 发表于 2024-11-29 15:46
试试vaspkit

嗯嗯，都在推荐vaspkit，那我得下载了！

作者
Author: snljty2 时间: 2024-11-29 16:19
这种事用五分钟写个小脚本就行了，下面链接是我随手写的，啥都没多想，变量名和实现方式都有点儿丑。
把原来的POSCAR重命名为POSCAR.old，用Multiwfn载入POSCAR.old，输入gi然后按两下回车。GaussView打开生成的POSCAR.gjf，用鼠标各种方式选取好要固定的原子，点Tools -> Atom Selection，把里面的原子编号复制出来，粘贴到这个脚本开头的fixed_indices后面的双引号里面，保存，然后确定脚本目录下有刚才的POSCAR.old，直接运行这个脚本就能得到设置好了固定原子标志的POSCAR。

(, 下载次数 Times of downloads: 7)

作者
Author: leixiaocui 时间: 2024-11-29 17:04

snljty2 发表于 2024-11-29 16:19
这种事用五分钟写个小脚本就行了，下面链接是我随手写的，啥都没多想，变量名和实现方式都有点儿丑。
把原 ...

谢谢大佬！

作者
Author: Flase 时间: 2024-11-29 17:22
vaspkit
402
1-选择POSCAR
3-按高度选择
0空格x：指x高度下所有原子固定，高度可以从vesta看
1或者2-选择坐标系
all或者1-3：固定所有坐标系，也可以自己选择
最后会输出一个POSCAR-FIX文件

作者
Author: 卡开发发 时间: 2024-11-29 17:27
1、脚本没啥问题啊。只是因为你切表面的时候c轴放到x，所以(26.xxx 0 0)就是c轴这是完全合理的，这应该不会影响到结果，只是计算后的朝向看上去比较怪而已。
2、之所以导出到vesta没问题的原因是因为导出后会不一样是因为存到cif的时候是按照abc长度和夹角存的，然后导入到vesta的时候vesta自身读取规则是按照a沿着x罢了。
3、要解决这个问题或许应该在切面的时候让a沿着x，在build->cleave surface的对话框有个options选项卡，然后让u along x, v in xy plane，你可以这样试试看再用脚本是否正常。或者已经切好面你可以在build->lattice parameters对话框的advance选项卡进行类似设置。
4、除了上面的方案，你也可以导出cif用ase的gui进行原子固定，安装好ase之后，你可以用ase gui Ag001.cif启动ase的图形界面并加载这个cif结构，可以通过框选的方式选中多个原子然后在菜单栏tools->constraints对话框点击fix按钮，最后存成Ag.vasp或者POSCAR_Ag即可。

作者
Author: leixiaocui 时间: 2024-11-30 21:08

Flase 发表于 2024-11-29 17:22
vaspkit
402
1-选择POSCAR

好的我试试，谢谢！

作者
Author: leixiaocui 时间: 2024-11-30 21:10

卡开发发发表于 2024-11-29 17:27
1、脚本没啥问题啊。只是因为你切表面的时候c轴放到x，所以(26.xxx 0 0)就是c轴这是完全合理的，这应该不会 ...

谢谢卡卡老师解答，脚本没问题，我坐标轴的问题，按照您的3的操作做了，现在已经成功导出了！

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