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标题: 使用sobEDA做能量分解时显示报错，计算完fragment2.gjf后终止 [打印本页]

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Author: 1848820738 时间: 2024-11-30 18:07
标题: 使用sobEDA做能量分解时显示报错，计算完fragment2.gjf后终止
Multiwfn版本为普通版， Version 3.8(dev), release date: 2024-Apr-17，Gaussian16使用的是A03版本，报错信息如下

Generating fch file of promolecular state via Multiwfn (promol.fch)
OMP: Error #34: System unable to allocate necessary resources for OMP thread:
OMP: System error #11: Resource temporarily unavailable
OMP: Hint Try decreasing the value of OMP_NUM_THREADS.
forrtl: error (76): Abort trap signal
Image             PC             Routine          Line       Source
Multiwfn          00000000020D8B24  Unknown             Unknown  Unknown
libpthread-2.17.s  00002B9A9C97C630  Unknown             Unknown  Unknown
libc-2.17.so    00002B9A9CBBF387  gsignal             Unknown  Unknown
libc-2.17.so    00002B9A9CBC0A78  abort                Unknown  Unknown
Multiwfn          0000000001CB24F3  Unknown             Unknown  Unknown
Multiwfn          0000000001C9F666  Unknown             Unknown  Unknown
Multiwfn          0000000001CFF429  Unknown             Unknown  Unknown
Multiwfn          0000000001CA7B5A  Unknown             Unknown  Unknown
Multiwfn          0000000001CAD397  Unknown             Unknown  Unknown
Multiwfn          0000000001CABFC7  Unknown             Unknown  Unknown
Multiwfn          0000000001C7A055  Unknown             Unknown  Unknown
Multiwfn          00000000011A46E2  Unknown             Unknown  Unknown
Multiwfn          00000000011A42D9  Unknown             Unknown  Unknown
Multiwfn          0000000001199989  Unknown             Unknown  Unknown
Multiwfn          000000000044902F  Unknown             Unknown  Unknown
Multiwfn          0000000000552A65  Unknown             Unknown  Unknown
Multiwfn          000000000077BFA4  Unknown             Unknown  Unknown
Multiwfn          0000000000710672  Unknown             Unknown  Unknown
Multiwfn          0000000000854315  Unknown             Unknown  Unknown
Multiwfn          0000000000431822  Unknown             Unknown  Unknown
libc-2.17.so    00002B9A9CBAB555  __libc_start_main    Unknown  Unknown
Multiwfn          0000000000431729  Unknown             Unknown  Unknown
./sobEDA.sh: 行 157: 92398 已放弃             (吐核)$mwfn fragment1.fch < tmp > /dev/null
mv: 无法获取"combine.fch" 的文件状态(stat): 没有那个文件或目录
Running: unfchk promol.fch promol.chk
PGFIO-F-209/OPEN/unit=27/'OLD' specified for file which does not exist.
File name = promol.fch
In source file starut.f, at line number 169
Generating Gaussian input file of promolecular state via Multiwfn (promol.gjf)
forrtl: severe (24): end-of-file during read, unit -4, file /proc/94834/fd/0
Image             PC             Routine          Line       Source
Multiwfn          00000000020CB14B  Unknown             Unknown  Unknown
Multiwfn          00000000020F9FF2  Unknown             Unknown  Unknown
Multiwfn          000000000085AE2E  Unknown             Unknown  Unknown
Multiwfn          0000000000431822  Unknown             Unknown  Unknown
libc-2.17.so    00002B3473B47555  __libc_start_main    Unknown  Unknown
Multiwfn          0000000000431729  Unknown             Unknown  Unknown
sed：无法读取 promol.gjf：没有那个文件或目录
sed：无法读取 promol.gjf：没有那个文件或目录
Running: g16 < promol.gjf &> promol.out
./sobEDA.sh:行176: promol.gjf: 没有那个文件或目录
Error encountered, please check corresponding output file! Now script exits

之前sobEDA计算一直能正常结束，这几天新交的都有这个报错，尝试更改了一下OMP_NUM_THREADS环境变量，还是该报错，作业算完fragment2.gjf生成fragment2.out就终止了，请问该怎么解决？附件为输入文件

作者
Author: 1848820738 时间: 2024-11-30 18:08
其中环境变量export GAUSS_MEMDEF=20GB

作者
Author: laoman 时间: 2024-12-1 14:42
乍一看像是第一个fragment太大了，formchk的时候不够内存。找到运行出错的那个命令，试试把GAUSS_MEMDEF设置成更大的内存再单独跑一下那个命令看看报不报错。

作者
Author: laoman 时间: 2024-12-1 16:59
本帖最后由 laoman 于 2024-12-1 17:01 编辑

用你给的文件试跑了一下，没有export GAUSS_MEMDEF=20GB，nproc=32，mem=64GB正常结束。
（附件里提交任务的脚本在这里：http://bbs.keinsci.com/thread-47947-1-1.html ）

作者
Author: 1848820738 时间: 2024-12-2 09:17

laoman 发表于 2024-12-1 14:42
乍一看像是第一个fragment太大了，formchk的时候不够内存。找到运行出错的那个命令，试试把GAUSS_MEMDEF设 ...

把GAUSS_MEMDEF设置成更大内存还是报错，之前算过更大的fragment都能算完，这次不知道什么情况

作者
Author: 1848820738 时间: 2024-12-2 09:23

laoman 发表于 2024-12-1 16:59
用你给的文件试跑了一下，没有export GAUSS_MEMDEF=20GB，nproc=32，mem=64GB正常结束。
（附件里提交任务 ...

请问老师那我这个报错是什么造成的呢，之前算着一直没问题，是Multiwfn安装问题还是别的什么设置问题呢？

作者
Author: laoman 时间: 2024-12-2 11:01
本帖最后由 laoman 于 2024-12-2 11:02 编辑

1848820738 发表于 2024-12-2 09:23
请问老师那我这个报错是什么造成的呢，之前算着一直没问题，是Multiwfn安装问题还是别的什么设置问题呢？

这个可能是Gaussian安装的问题，具体的原因还是请教你们集群或者工作站的系统管理员调查一下吧。我这边没法解答。

作者
Author: 1848820738 时间: 2024-12-2 19:51

laoman 发表于 2024-12-2 11:01
这个可能是Gaussian安装的问题，具体的原因还是请教你们集群或者工作站的系统管理员调查一下吧。我这边没 ...

谢谢老师，今天尝试用root用户提交了一下，正常计算结束，环境变量设置都一样，很奇怪

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