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标题: VMD 中F元素的颜色与展现出来的颜色不一致，请问如何解决？ [打印本页]

作者
Author: pxp2024 时间: 2024-12-1 09:53
标题: VMD 中F元素的颜色与展现出来的颜色不一致，请问如何解决？
请问大家，我用VMD画出的分子式中的F元素的颜色，与系统设置的元素的颜色不一致，请问是什么原因，怎么能让VMD画出的F元素的颜色与其color control里的设置保持一致呢

作者
Author: snljty2 时间: 2024-12-1 10:20
确定Coloring Method设为Element而不是默认的Name了么？

作者
Author: pxp2024 时间: 2024-12-1 10:54

snljty2 发表于 2024-12-1 10:20
确定Coloring Method设为Element而不是默认的Name了么？

请问Coloring Method在那里设置呢？

作者
Author: Uus/pMeC6H4-/キ 时间: 2024-12-1 10:57

pxp2024 发表于 2024-12-1 10:54
请问Coloring Method在那里设置呢？

Graphics - Representations里面列表选中当前分子的显示方式，下面有Coloring Method菜单可切换。当然往命令行输指令mol modcolor也可以，但是需要当前显示方式和分子的编号。

作者
Author: pxp2024 时间: 2024-12-1 11:14

Uus/pMeC6H4-/キ发表于 2024-12-1 10:57
Graphics - Representations里面列表选中当前分子的显示方式，下面有Coloring Method菜单可切换。当然往 ...

非常感谢，我按照你的方法，找到了，但是由于我画的是静电势，我一改Element, 静电势就发生变化，原子颜色没变，请问怎么能精确修改原子颜色，不影响静电势

作者
Author: Uus/pMeC6H4-/キ 时间: 2024-12-1 11:25

pxp2024 发表于 2024-12-1 11:14
非常感谢，我按照你的方法，找到了，但是由于我画的是静电势，我一改Element, 静电势就发生变化，原子颜 ...

显示方式里面应该有不止一个的，不要改Isosurface对应的等值面的着色方式，只改CPK对应的原子球棍模型的着色方式。

作者
Author: snljty2 时间: 2024-12-1 11:25

pxp2024 发表于 2024-12-1 11:14
非常感谢，我按照你的方法，找到了，但是由于我画的是静电势，我一改Element, 静电势就发生变化，原子颜 ...

是不是改的Rep不是你想改的Rep，Graphical Representations界面点Style下面那个代表你分子结构的Rep（不是Isosurface的那个），将其Coloring Method改成Element。

作者
Author: pxp2024 时间: 2024-12-1 11:30

snljty2 发表于 2024-12-1 11:25
是不是改的Rep不是你想改的Rep，Graphical Representations界面点Style下面那个代表你分子结构的Rep（不 ...

这个里面只有这个isosurface,

作者
Author: pxp2024 时间: 2024-12-1 11:31

Uus/pMeC6H4-/キ发表于 2024-12-1 11:25
显示方式里面应该有不止一个的，不要改Isosurface对应的等值面的着色方式，只改CPK对应的原子球棍模型的 ...

CPK里面只有isosurface,对应的球棍模型在那里呢

作者
Author: 乐平 时间: 2024-12-1 12:15
每次看到这种类似的问题，就忍不住强烈推荐钟成老师的脚本，本站就能下载
http://bbs.keinsci.com/thread-18150-1-1.html

虽然底层都是调用社长的 Multiwfn，但是钟老师的脚本灵活度更高，出图的配色也更好看，不会出现 C 是蓝绿色这种 VMD 默认颜色看着就怪怪的…… 导出的图片也都自动给你命名，自动保存在当前文件夹的统一位置，不需要你用 Multiwfn 那样每次手动去修改 ESPiso.bat 文件。

注意仔细阅读，配合钟老师写的生成 cube 文件的脚本一起用

作者
Author: 乐平 时间: 2024-12-1 12:17

pxp2024 发表于 2024-12-1 11:30
这个里面只有这个isosurface,

VMD 的逻辑是图层（Graphical Representations, 简称 Rep），每个图层负责显示一项内容。

如果你找不到球棍模型的图层，就自己新建一个 Rep ，然后设置成 CPK 样式

作者
Author: sobereva 时间: 2024-12-2 03:39
认真把此文看了，搞清楚逻辑
在VMD程序里对不同元素的原子用不同颜色显示的方法
http://sobereva.com/624（http://bbs.keinsci.com/thread-26306-1-1.html）

并且参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/KGMX）里非常详细讲VMD的部分的ppt
(, 下载次数 Times of downloads: 0)

作者
Author: pxp2024 时间: 2024-12-2 08:46

乐平发表于 2024-12-1 12:15
每次看到这种类似的问题，就忍不住强烈推荐钟成老师的脚本，本站就能下载
http://bbs.keinsci.com/thread- ...

谢谢

作者
Author: pxp2024 时间: 2024-12-2 08:47

sobereva 发表于 2024-12-2 03:39
认真把此文看了，搞清楚逻辑
在VMD程序里对不同元素的原子用不同颜色显示的方法
http://sobereva.com/624 ...

谢谢

作者
Author: pxp2024 时间: 2024-12-2 09:44

sobereva 发表于 2024-12-2 03:39
认真把此文看了，搞清楚逻辑
在VMD程序里对不同元素的原子用不同颜色显示的方法
http://sobereva.com/624 ...

在VMD.rc里加了mol default color Element，解决了，谢谢

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)