计算化学公社

标题: VMD将NPT系综下得到的动力学轨迹导出为pdb格式文件时盒子信息的处理问题 [打印本页]

作者
Author: ljh123 时间: 2024-12-1 21:29
标题: VMD将NPT系综下得到的动力学轨迹导出为pdb格式文件时盒子信息的处理问题
动力学轨迹文件是使用CP2K，并在NPT系综下得到的dcd文件。我希望用VMD将轨迹导出为pdb格式，并用Multiwfn转换为cif文件。现在遇到一个问题，从VMD导出pdb文件时，盒子信息只有一个，并不是每帧都有盒子信息，但是NPT系综下盒子尺寸一直在变，所以我想请教下怎么得到每一帧的结构及其盒子尺寸信息。

作者
Author: sobereva 时间: 2024-12-2 03:35
Multiwfn没法把多帧pdb文件转换成多帧cif文件
每帧拆成单独pdb文件，写脚本批量转换倒是可以

作者
Author: ljh123 时间: 2024-12-2 13:39

sobereva 发表于 2024-12-2 03:35
Multiwfn没法把多帧pdb文件转换成多帧cif文件
每帧拆成单独pdb文件，写脚本批量转换倒是可以

这个脚本倒是可以写，但是vmd导出多帧pdb只有一个盒子信息（没法导出每一帧的盒子尺寸）的问题我还是不清楚怎么解决。NPT过程盒子大小有波动，后续想计算几个帧的高精度单点能，不知道可不可以用NPT跑出来的平均盒子尺寸呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-12-2 14:13

ljh123 发表于 2024-12-2 13:39
这个脚本倒是可以写，但是vmd导出多帧pdb只有一个盒子信息（没法导出每一帧的盒子尺寸）的问题我还是不清 ...

所以说要拆成单帧pdb文件导出
另外如果之后要算高精度单点，不建议用pdb格式，记录的小数位数精度太有限

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)