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标题: 请教动力学过程中box变大的原因 [打印本页]

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Author: chenwei 时间: 2024-12-2 11:23
标题: 请教动力学过程中box变大的原因
本帖最后由 chenwei 于 2024-12-2 11:23 编辑

各位老师好，我用Gromacs 2020.6进行蛋白质-配体复合物分子动力学模拟，在nvt、npt和md各阶段结束后，发现产生的gro文件的box逐渐变大（如图所示），蛋白用的是Amber 14SB力场，配体用的是GAFF力场，所用的mdp、itp、top文件见附件（蛋白的itp文件由于太大没能上传）。请教各位老师：
1.动力学过程中box为什么会逐渐增大? 2.我用pymol打开md.gro文件，发现蛋白质的二级结构基本全变成无规则卷曲，但是我实际实验并未检测到蛋白质这么剧烈的变化，请教各位老师，是否是我设置的mdp文件的问题以及如何改进？

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