计算化学公社

标题: 求助：用Multiwfn+VMD绘制静电势着色的分子间范德华表面穿透图出了一些问题 [打印本页]

作者
Author: qq1966789 时间: 2024-12-2 10:19
标题: 求助：用Multiwfn+VMD绘制静电势着色的分子间范德华表面穿透图出了一些问题
我的操作如下
将1.fch和2.fch（1和2是同一分子）都拷到Multiwfn目录下，双击ESPpt.bat，就会开始计算，输出文件被自动拷到了VMD目录下。
我想形成c,d的图形，但是按照使用Multiwfn+VMD快速地绘制静电势着色的分子范德华表面图和分子间穿透图（含视频演示） - 思想家公社的门口：量子化学·分子模拟·二次元这个里面的步骤，形成了A,B的图形，请问各位老师我哪里出现了问题

作者
Author: sobereva 时间: 2024-12-2 14:47
先把博文里的例子完整重复一遍

并且确保1、2分子的坐标没有重叠在一起（单点计算时单体坐标必须对应复合物结构里的相应坐标，并且Gaussian计算时带着nosymm关键词）

作者
Author: qq1966789 时间: 2024-12-2 17:05

sobereva 发表于 2024-12-2 14:47
先把博文里的例子完整重复一遍

并且确保1、2分子的坐标没有重叠在一起（单点计算时单体坐标必须对应复合 ...

好的，谢谢社长回复，博文的例子复制了，1、2分子坐标确实重叠，请问社长该怎么把他们分开

作者
Author: qq1966789 时间: 2024-12-2 17:06

qq1966789 发表于 2024-12-2 17:05
好的，谢谢社长回复，博文的例子复制了，1、2分子坐标确实重叠，请问社长该怎么把他们分开

这个关键词是在这里添加吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-12-2 17:38

qq1966789 发表于 2024-12-2 17:06
这个关键词是在这里添加吗？

Q：为什么强烈不建议用GaussView的Gaussian Calculation Setup界面产生输入文件？
A：这个界面纯粹是给外行人用的，非常弱，设计得也颇差。很多常用的理论方法如M06-2X、PBE0在里面都没法直接选，非常常用的def2系列基组在里面也没法用，用混合基组也很麻烦，Gaussian的大量功能靠这个界面根本用不了。纯粹靠利用此界面，至多只能使用Gaussian全部功能的1/4。而且Gaussian的关键词非常容易写，是所有量子化学程序里最简单的，用这个界面创建输入文件完全多此一举，远不如自己手写关键词快捷方便。内行人几乎没有用这个界面创建输入文件的，总是依赖于这个界面的初学者也永远不可能脱菜。正经的Gaussian用户都只是靠GaussView用来创建和编辑结构，之后保存成gjf文件，自己用文本编辑器打开并手写关键词，然后提交给Gaussian计算。适合使用Calculation setup界面产生输入文件的情况也就仅仅是用QST2、QST3方法找过渡态的情况，由于这类任务的输入文件格式稍微复杂、手写容易出错，所以才适合直接靠这个界面得到输入文件。PS：北京科音（www.keinsci.com）的量子化学培训里除了QST2、QST3外，都一律不用Calculation setup界面创建输入文件。我写的所有博文也一律不考虑读者用Calculation setup创建输入文件的情况。

坐标直接从复合物结构里抠出来

哪能用那么烂的基组。仔细看
谈谈量子化学中基组的选择
http://sobereva.com/336（http://bbs.keinsci.com/thread-3545-1-1.html）

作者
Author: qq1966789 时间: 2024-12-3 10:46

sobereva 发表于 2024-12-2 17:38
Q：为什么强烈不建议用GaussView的Gaussian Calculation Setup界面产生输入文件？
A：这个界面纯粹是给 ...

好的，谢谢社长回复，问题已经解决

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)