计算化学公社

标题: gmx服务器配置求助 [打印本页]

作者
Author: 961106 时间: 2024-12-2 15:36
标题: gmx服务器配置求助
各位老师好，想购置一台服务器，主要用于gromacs跑蛋白模拟，有时候会用比较大的蛋白，盒子尺寸能达到16nm，一般跑100ns以上，看了sob老师置顶的计算机配置帖子，想请问一下在显卡的选择上面，对我我的情况，4090和4080差别大吗？谢谢各位老师！

作者
Author: sobereva 时间: 2024-12-2 15:53
一分钱一分货，花更多钱就能有更快的速度、更少的计算时间。只能说其中一个完全算不动的，另一个也算不动。

作者
Author: 961106 时间: 2024-12-2 17:07

sobereva 发表于 2024-12-2 15:53
一分钱一分货，花更多钱就能有更快的速度、更少的计算时间。只能说其中一个完全算不动的，另一个也算不动。

老师您好，谢谢您的回复，请问您的意思是说即使用推荐的4090D，我现在这个蛋白也跑不了是吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-12-2 17:39

961106 发表于 2024-12-2 17:07
老师您好，谢谢您的回复，请问您的意思是说即使用推荐的4090D，我现在这个蛋白也跑不了是吗？

严重误解
4090D完全跑不动的情况，性能是其2/3左右的4080 SUPER也跑不动。没说这俩算你当前体系都跑不动，说原子数、要跑的时间长度

作者
Author: 961106 时间: 2024-12-3 09:13

sobereva 发表于 2024-12-2 17:39
严重误解
4090D完全跑不动的情况，性能是其2/3左右的4080 SUPER也跑不动。没说这俩算你当前体系都跑不动 ...

谢谢老师解答，我现在最大的体系有180000个原子，跑100ns左右，请问这个体系这两种GPU可以带得动吗

作者
Author: Dempey 时间: 2024-12-3 22:19

961106 发表于 2024-12-3 09:13
谢谢老师解答，我现在最大的体系有180000个原子，跑100ns左右，请问这个体系这两种GPU可以带得动吗

如果是18万原子体系不算大，应该蛮轻松的。我没体验过4080S，但是我算过180万个原子的体系，跑100 ns，步长2 fs，Xeon 6430 16核+4090大约5-6天。

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)