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标题: 构建盒子后执行能量最小化失败 [打印本页]

作者
Author: milk_q 时间: 2024-12-2 15:48
标题: 构建盒子后执行能量最小化失败
本帖最后由 milk_q 于 2024-12-2 20:25 编辑

首先是chemdraw画的结构，GFN2-xTB优化后，计算RESP，参数完全基于GAFF
sobtop生成拓扑参数
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加入25个分子，填充水构建的盒子
(, 下载次数 Times of downloads: 1)
构建盒子后执行能量最小化提示
Polak-Ribiere Conjugate Gradients converged to machine precision in 18 steps,
but did not reach the requested Fmax < 100.
Potential Energy = -1.1768061e+07
Maximum force = 1.8125794e+05 on atom 16366
Norm of force = 7.9638007e+02

这是em.mdp
define = -DFLEXIBLE
integrator = cg
nsteps = 10000
emtol  = 100.0
emstep = 0.01
;
nstxout = 100
nstlog = 50
nstenergy = 50
;
pbc = xyz
cutoff-scheme          = Verlet
coulombtype             = PME
rcoulomb                = 1.0
vdwtype                = Cut-off
rvdw                   = 1.0
DispCorr                = EnerPres
;
constraints             = none

请各位老师指导一下

作者
Author: sobereva 时间: 2024-12-2 15:51
什么细节都没有，整体结构怎么建的、拓扑文件怎么产生的，一概不提，文件也不提供，没人能回答
在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚
http://sobereva.com/620（http://bbs.keinsci.com/thread-25787-1-1.html）
那叫GFN2-xTB

作者
Author: tsgyls 时间: 2024-12-2 17:41
可能的原因很多
比如盒子太大了，是不是先把溶剂能量最小化，再加入你的分子比较好
或者你优化结构的时候，没有仔细看结构，分子扭的厉害还直接拿来用
或者构建拓扑文件的时候，把柔性部分当做刚性结构，用hessian进行计算

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