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标题: gromacs跑RNA生成拓扑文件的时候，选择完力场amber99和水分子就报错 [打印本页]

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Author: 暖身贴 时间: 2024-12-2 16:40
标题: gromacs跑RNA生成拓扑文件的时候，选择完力场amber99和水分子就报错
新手求助：生成拓扑文件的时候，选择完力场amber99和水分子，就出现这个报错，呜呜。
Fatal error:
Atom P in residue G 2 was not found in rtp entry RG5 with 32 atoms
while sorting atoms.

作者
Author: sobereva 时间: 2024-12-2 22:04
结构文件里的残基名不标准
仔细看力场目录下RNA.rtp里残基名叫什么

作者
Author: 暖身贴 时间: 2024-12-4 10:42

sobereva 发表于 2024-12-2 22:04
结构文件里的残基名不标准
仔细看力场目录下RNA.rtp里残基名叫什么

非常感谢指导，我是刚刚接触，能不能烦请您帮忙看一下我的pdb文件和力场rna.rtp文件，哪里不标准，哪里需要修改。

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Author: sobereva 时间: 2024-12-4 16:59

暖身贴发表于 2024-12-4 10:42
非常感谢指导，我是刚刚接触，能不能烦请您帮忙看一下我的pdb文件和力场rna.rtp文件，哪里不标准，哪里需 ...

pdb里第四列是残基名，pdb里出现的所有残基必须在rtp里都有对应的定义。

核苷酸的标准命名我在北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/KGMX）里讲了，应当符合标准命名

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