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标题: 使用VMD+travis绘制SDF图像的问题 [打印本页]

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Author: jlyjlysjd 时间: 2024-12-2 18:01
标题: 使用VMD+travis绘制SDF图像的问题
本帖最后由 jlyjlysjd 于 2024-12-2 18:06 编辑

根据帖子：travis + vmd 绘制空间分布函数(Spatial Distribution Function , SDF)流程攻略 - 分子模拟 (Molecular Modeling) - 计算化学公社
我进行了以下的计算：
我已经有了一个平衡状态下的MgCl2溶液，如下图所示。

我想计算Mg的第一溶剂化壳层Mg[(H2O)6]2+的空间密度函数，想统计Mg[(H2O)6]2+周围存在的Mg[(H2O)6]2+和H2O分子的分布情况。
但是我使用travis导出图像后，并没有很好的得到预期结果，如下图所示：
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蓝色区域代表了水分子的密度，我的问题就是，这个等值面的分布为什么是呈现方形的？而不是围绕在分子边上呈现球状的呢？整个等值面已经将Mg[(H2O)6]2+完全包裹住了，看上去很奇怪，并不和谐
第一次制作这个SDF，感觉不太对劲，请各位老师能给予帮助，谢谢各位老师

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