计算化学公社

标题: gromacs中生成top文件问题求助 [打印本页]

作者
Author: smldxks123 时间: 2024-12-2 21:39
标题: gromacs中生成top文件问题求助
各位老师，我在使用Amber14SB+OL15的立场在生成RNA的top文件的时候，一直报错，我在按照讲义检测RNA的pdb文件时候使用脚本加上在AUGC碱基前加上了R,但是仍然出现这样的报错，请问大家这是什么原因呢，应该做哪些调整。我尝试看了报错，但是猜测可能是一些残基没有处理好，但是不知道怎么处理，谢谢。

作者
Author: sobereva 时间: 2024-12-2 22:18
加-ignh

作者
Author: smldxks123 时间: 2024-12-3 09:07

sobereva 发表于 2024-12-2 22:18
加-ignh

好的谢谢老师

作者
Author: smldxks123 时间: 2024-12-4 19:26

sobereva 发表于 2024-12-2 22:18
加-ignh

老师您好，我还有一个问题，我在使用脚本把pbd结构RNA的碱基前加上了R，但是再次打开以后会出现结构解体，即使成功生成topol文件，会报错很多long bond。请问这种情况怎么解决呢？

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)