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标题: 蛋白质-配体MD时，sobtop生成配体top\itp文件时的出现的问题及解决办法 [打印本页]
作者
Author: nitp7034    时间: 2024-12-3 01:02
标题: 蛋白质-配体MD时，sobtop生成配体top\itp文件时的出现的问题及解决办法
最近开始自学使用gromacs进行蛋白质-配体的动力学模拟实验，由于还不熟悉（也希望能获得各位的指点），基本每个步骤都能出现一堆问题，而这帖的问题我还没在论坛找到于是打算分享（当然我也可能看漏了，如果有就删帖）
以下是过程：
先是用sybyl2.0提取了一个名叫3nsn的蛋白质中的配体，生成了3nsn_ligand.mol2。（至于为什么用sybyl提取是因为先前的筛选工作是用这个完成的）
接着用sobtop处理得到了3nsn_ligand.top\itp\gro
接着：
gmx pdb2gmx -f 3nsn.pdb -o 3nsn.gro -water spc -ignh（准备蛋白质拓扑、选择力场6）
gmx editconf -f complex.gro -o newbox.gro -bt dodecahedron -d 1.0（定义单元盒子）
gmx solvate -cp newbox.gro -cs spc216.gro -p topol.top -o solv.gro（得到newbox.gro  填充溶剂水）
gmx grompp -f em.mdp -c solv.gro -p topol.top -o next.tpr（添加离子）


然后报错了




No such moleculetype MOL说明缺乏[moleculetype]字段对名为MOL的分子类型进行定义
有位建议将; Include ligand topology #include "ligand.itp"这两行放到; Include forcefield parameters #include "amber99sb-ildn.ff/forcefield.itp"这两行下面
但还是无法解决
因为sobtop生出的配体文件的resname都是MOL，于是我想出来这两个解决办法。
①
把3nsn_ligand.top文件中的这段代码：
[ molecules ]
; Molecule      nmols
3nsn_ligand     1
换成
; Molecule      nmols
MOL    1

把3nsn_ligand.itp中将这段代码：
[ moleculetype ]
; name          nrexcl
3nsn_ligand       3
换成
[ moleculetype ]
; name          nrexcl
MOL      3

②
直接把3nsn_ligand.mol2改名为MOL.mol2，然后用sobtop进行拓扑

1.打开Sobtop，将配体分子路径放进去，并回车；
2.选择1并回车，生成top文件；
3.选择3，尽可能使用GAFF力场；
4.选择0，进入下一步
5.选择4，如果可能，预先构建成键参数，任意猜测缺少的选项
6.回车，生成的top文件生成在sobtop软件根目录下
7.回车，生成的itp位置限制文件在sobtop软件根目录下
8.选择2，生成gro文件
9.回车，生成的gro文件在sobtop软件根目录下
10.回车，退出sobtop软件

（end）

ps：在之后添加反离子的操作中提示System has non-zero total charge: 2092.349998，明明做蛋白质拓扑的时候Total charge -14.000 e（崩溃），有位建议用tip3p做拓扑，现在正打算重新做一遍。



作者
Author: nitp7034    时间: 2024-12-3 01:08
这是相关贴：http://bbs.keinsci.com/forum.php ... mp;page=1#pid317286
作者
Author: 暖身贴    时间: 2024-12-11 11:38
您好，我也是刚接触gromacs的新手，我现在做的和你的步骤差不多，也是按照官网的"蛋白配体复合物“的教程学习，但是在添加离子那一步，报错告诉我缺少配体的prm文件，我也是用的sobtop生成了配体的gro、itp、top文件，请问您知道配体的prm文件如何生成嘛



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