计算化学公社

标题: 如何使用CP2K中的SIRIUS模块计算铁胞，并输出molden文件 [打印本页]

作者
Author: 牧生 时间: 2024-12-3 12:26
标题: 如何使用CP2K中的SIRIUS模块计算铁胞，并输出molden文件
本帖最后由牧生于 2024-12-3 14:31 编辑

近几日看了http://bbs.keinsci.com/thread-50094-1-1.html，社长提到了“某些磁性的d族金属表面体系SCF难收敛，典型例子就是诸如Ni(111)表面、Fe(001)表面这种，而且改各种SCF收敛相关设置也不太好解决。碰到这种情况可以用CP2K的SIRIUS模块基于平面波计算”。于是我开始了相关的学习，重新编译了一遍CP2K-2024.3，并安装了SIRIUS，也测试tests文件夹中的Fe.inp，飞快且顺利的跑完了，产生一个out文件，但我需要产生molden文件，以期望后续使用Multiwfn做分析。

第一个操作的问题：
在这里 http://sobereva.com/651 提到

在CP2K输入文件的&DFT字段中加入以下内容就可以在SCF收敛后在当前目录下产生.molden为后缀的文件
&PRINT
&MO_MOLDEN
NDIGITS 9
&END MO_MOLDEN
&END PRINT

复制代码

于是我在Fe.inp的文本中加入相应的字段，并且注释NGRIDK这一行，变成
……
  &DFT
&XC
   &XC_FUNCTIONAL
      &LDA_C_PZ
      &END LDA_C_PZ
      &LDA_X
      &END LDA_X
   &END XC_FUNCTIONAL
&END XC
  &PRINT
&MO_MOLDEN
   NDIGITS 9
&END MO_MOLDEN
  &END PRINT
  &END DFT
……

计算完成后，也只得到了Fe.out，并没有得到molden。我猜是因为换用了SIRIUS，就不存在“在SCF收敛后在当前目录下产生.molden为后缀的文件”这种情况了。那么在用了SIRIUS这种情况下，我该如何得到molden文件呢？

第二个操作的问题：
tests文件夹中的Fe.inp，应该就只是计算了单点。如果我要用结构优化，且就只想用CP2K，不用QE或者vasp，如http://bbs.keinsci.com/thread-41115-1-1.html中描述的情况，那么在inp文件中，我该选择何种理论方法，该在哪个位置加什么关键词呢？

第三个操作的问题：
我把tests文件夹中的Fe.inp载入Multiwfn，扩胞为2X2X2，然后用CP2K去跑这个超胞。把原来Fe.inp中cell的大小换成这个超胞cell信息，用的是
A [bohr] 20.94416766    0.00000000    0.00000000
B [bohr]  0.00000000 20.94416766    0.00000000
C [bohr]  0.00000000    0.00000000    20.94416766
把超胞的每个原子替换原来的那两个原子。然后倒是可以正常跑起来，见附件中的Fe.out，很多这种提示，有什么问题吗
Warning in function "get_rho_up_dn" at /home/jing/software/cp2k-2024.3/tools/toolchain/build/SIRIUS-7.5.2/src/density/density.hpp:854
Interstitial charge density has negative values
most negatve value : -0.0066859

(, 下载次数 Times of downloads: 39) (, 下载次数 Times of downloads: 11)

顺带在此实名赞扬一下google，我发帖后一分钟，在google搜“CP2K+MOLDEN+SIRIUS”，都能搜到本贴了。

作者
Author: qczcb2 时间: 2024-12-3 19:02
molden文件是包含GTF和基函数信息的，sirius只有平面波，是不是原理上就不可行呢?收敛后应该已经有准确的电荷密度了，不知道能不能用于默认方法初猜

作者
Author: 牧生 时间: 2024-12-3 20:38

qczcb2 发表于 2024-12-3 19:02
molden文件是包含GTF和基函数信息的，sirius只有平面波，是不是原理上就不可行呢?收敛后应该已经有准确的电 ...

那这样的话，总得输出个什么文件用于可视化分析啊。最好是Multiwfn可以读取的

作者
Author: sobereva 时间: 2024-12-5 02:12
molden文件本来就不能记录平面波基函数描述的轨道，而且Multiwfn目前也不支持平面波基函数

作者
Author: loneliness 时间: 2025-3-2 12:06
请问cp2k的SIRIUS模块比起QE的优缺点是啥呢

作者
Author: 牧生 时间: 2025-3-2 12:11
本帖最后由牧生于 2025-3-2 12:18 编辑

loneliness 发表于 2025-3-2 12:06
请问cp2k的SIRIUS模块比起QE的优缺点是啥呢

我试过在CP2K中使用SIRIUS模块来计算我这个体系，但速度很慢。最终我放弃了

在http://bbs.keinsci.com/thread-50094-1-1.html中

值得一提的是，CP2K里有个专门做纯平面波计算的SIRIUS模块，可以得到和Quantum ESPRESSO极为相近的结果。如果你就是有特殊原因非要做平面波计算也可以用这个模块。

复制代码

我不会QE，而且没有Multiwfn这样好用的傻瓜工具，我也没打算去学QE，无法解答。

作者
Author: guyingbing 时间: 2025-12-8 11:37
您生成输出文件里面，有报错啊！

作者
Author: 牧生 时间: 2025-12-8 12:37

guyingbing 发表于 2025-12-8 11:37
您生成输出文件里面，有报错啊！

我知道有报错。。但我没法解决

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)