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标题: （已解决）关于GROMACS做NPT平衡时出错的问题 [打印本页]

作者
Author: Lance先生 时间: 2024-12-3 16:36
标题: （已解决）关于GROMACS做NPT平衡时出错的问题
本帖最后由 Lance先生于 2025-3-10 22:44 编辑

各位大佬好，目前我正在用GROMACS跑一个模型的能量最小化和NPT平衡，模型是用packmol建的，一共是一个溶质分子，外加三百个溶剂分子，现在的问题是能量最小化完全没问题，但是NPT一直出错，显示“Segmentation fault (core dumped)”，看GROMACS社区说是盒子太小了，导致分子出现了重叠，但是我这盒子一点点加大，一直有报错。目前使用的GROMACS软件的版本是2023.2，下面附上建模及平衡所需要的各类文件，希望大佬指点迷津，感谢。

作者
Author: sobereva 时间: 2024-12-5 02:29
上传的所有文件必须主动解释是什么，别让别人猜
这种事照着http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8的思路排查和解决。并且注意是否参考温度超过了沸点

作者
Author: Lance先生 时间: 2024-12-5 13:12

sobereva 发表于 2024-12-5 02:29
上传的所有文件必须主动解释是什么，别让别人猜
这种事照着http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8的思路排 ...

好的，谢谢社长。

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