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标题: 氰基在酶作用下水解成亚胺的机理推测求助 [打印本页]

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zep    时间: 2024-12-4 01:29
标题: 氰基在酶作用下水解成亚胺的机理推测求助
本帖最后由 zep 于 2024-12-4 01:32 编辑

对于氰基在半胱氨酸硫的亲核进攻氰基碳原子,形成亚胺结构的机理求助,我绘制了两张可能机理,其中第第种的ts1已经确定,ts2未找到直接优化到产物int2结构,第一种也不确定有没有错误,第二种未曾尝试不知道有没有常识错误,请各位老师指点感谢。

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wzkchem5    时间: 2024-12-4 03:19
如果确定氰基不会和蛋白直接形成氢键,那么机理1问题不大
机理2的问题在于Glu几乎没起到催化作用,反倒可能会抑制反应,让氮不容易夺质子。如果这个氰基化合物是天然底物的话,很难解释为什么酶进化出了那个Glu
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zep    时间: 2024-12-4 11:33
wzkchem5 发表于 2024-12-4 03:19
如果确定氰基不会和蛋白直接形成氢键,那么机理1问题不大
机理2的问题在于Glu几乎没起到催化作用,反倒可 ...

多谢老师,机理2是天然底物,机理1您说的形成氢键的意思是,是氰基氮和氨基酸形成氢键,氰基氮原子更容易夺取与之形成氢键的氢吗?
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wzkchem5    时间: 2024-12-4 17:02
zep 发表于 2024-12-4 04:33
多谢老师,机理2是天然底物,机理1您说的形成氢键的意思是,是氰基氮和氨基酸形成氢键,氰基氮原子更容易 ...

对,这样的话氮在硫负离子正在形成的时候就能形成氢键,有助于降低能垒
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zep    时间: 2024-12-4 18:57
wzkchem5 发表于 2024-12-4 17:02
对,这样的话氮在硫负离子正在形成的时候就能形成氢键,有助于降低能垒

好的多谢老师解答




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