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标题: 关于元动力学模拟的轨迹理解问题 [打印本页]

作者
Author: ljh123 时间: 2024-12-4 13:07
标题: 关于元动力学模拟的轨迹理解问题
各位老师，元动力学模拟得到的轨迹是不是真实的轨迹呢？我还在学习元动力学模拟，我理解的元动力学模拟是通过偏置势使分子能够【沿着势能面】往鞍点的方向移动，最后越过鞍点到达产物态。这就引出我的一个疑问，拿该图举例，这样跑出来的轨迹是包括黄圈和红圈的还是只有红圈的呢？以及，我能否用元动力学模拟得到的轨迹，去计算径向分布函数函数和PMF呢？
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作者
Author: sobereva 时间: 2024-12-4 17:24
当前问题没体现出和CP2K的直接关系，不要选择CP2K分类。这次给你改了，以后注意

作者
Author: SiqiLee 时间: 2024-12-12 09:52
应该是两个圈都能采到样，他只是降低了跨越能垒的难度，采样更广泛了。PMF是可以用这个轨迹去做的，甚至你可以用它的轨迹再去做伞形采样，可以参考南开付浩浩他们的文章，Nature protocols, 17(4), 1114–1141.

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