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标题: 求助：使用vmd插件topotools读取xyz文件时报错 [打印本页]

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Author: BesterS 时间: 2024-12-4 16:13
标题: 求助：使用vmd插件topotools读取xyz文件时报错
各位老师好，我在使用topotools中readvarxyz指令读取xyz文件时出现错误，能读到一些数据但帧数为0，具体报错类容是：can't read "a" :no such variable,请问是什么原因？

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Author: Uus/pMeC6H4-/キ 时间: 2024-12-4 16:48
本帖最后由 Uus/pMeC6H4-/キ于 2024-12-4 17:03 编辑

检查下dumpcp.xyz有没有多余空行、单独拆出的每一帧是否都是正规的.xyz格式（一行原子数+一行注释+与原子数相符数量的若干行坐标，其中坐标行由空格分隔原子名称、x坐标、y坐标、z坐标）。另外坐标行用原子序数开始的话有可能topotools不能转化为对应的元素和种类信息，最好先用sed之类的命令批量换成元素名。

编辑：有个小小的请求，如果像上帖这样提问得到回答，可否提供个反馈呢？回个帖或者评个分都行，无论回答是很有帮助还是完全不对，提问者的回应可以给回答者一个确认，也可以帮助有相同问题的后来者解惑……

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Author: BesterS 时间: 2024-12-4 17:05

Uus/pMeC6H4-/キ发表于 2024-12-4 16:48
检查下dumpcp.xyz有没有多余空行、单独拆出的每一帧是否都是正规的.xyz格式（一行原子数+一行注释+与原子数 ...

老师您好，我把格式改为下图形式，只测试两帧还是出现类似问题

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Author: BesterS 时间: 2024-12-4 17:05
图片

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Author: Uus/pMeC6H4-/キ 时间: 2024-12-4 17:42
本帖最后由 Uus/pMeC6H4-/キ于 2024-12-4 17:52 编辑

奇怪，会不会.xyz文件里有非ASCII字符，比如有的空格不是普通的space (U+0020)而是non-breaking space (U+00A0)，所以tcl没解析对坐标行格式呢……我想找一个能复现报错的文件也试一试。

topotools的代码仓库在https://github.com/akohlmey/topotools，可以下载最新的1.9版替换VMD目录下plugins/noarch/tcl/自带的旧版topotools再看看有没有这个问题。如果还是有的话，由于topovarxyz.tcl中变量a定义于lassign $line a x y z这一行，在其后添加puts "$a"之类的语句并重启VMD，可以在执行topo readvarxyz指令时把脚本检测到的变量a输出到命令行，或许有点提示。

作者
Author: BesterS 时间: 2024-12-4 22:00

Uus/pMeC6H4-/キ发表于 2024-12-4 17:42
奇怪，会不会.xyz文件里有非ASCII字符，比如有的空格不是普通的space (U+0020)而是non-breaking space (U+0 ...

谢谢您的提醒，我在代码中几处添加了puts函数后，发现问题出现在下图的guessatomdata函数处，我不清楚这些函数的具体作用，但我把这三行直接删了发现可以正常运行了

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Author: BesterS 时间: 2024-12-4 22:01
就是这三行

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Author: Uus/pMeC6H4-/キ 时间: 2024-12-4 22:30

BesterS 发表于 2024-12-4 22:01
就是这三行

guessatomdata是在topoatoms.tcl里面定义的，主要是借助topotools.tcl中储存的元素周期表从原子的已知信息推断未知信息。这三行是用输入的.xyz中每行开头的名称（也就是上面lassign的变量a）推断元素，再从元素推断半径和质量，预计删掉会导致加载到VMD的原子只剩名称和种类信息。

如果希望原子的元素、半径、质量属性符合实际，可以自己用原子选择语句补一补，参考社长博文http://sobereva.com/504和VMD目录下doc文件夹中手册的9.3.2节。

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