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标题: 使用VMD计算RMSD出错couldn't open "trajrmsd.dat": permission denied [打印本页]

作者
Author: yolo-bike 时间: 2024-12-4 17:09
标题: 使用VMD计算RMSD出错couldn't open "trajrmsd.dat": permission denied
本帖最后由 yolo-bike 于 2024-12-4 17:15 编辑

1、导入dcd文件和psf文件之后，按照下面步骤Extensions-Analysis-RMSD Trajectory Tool，ALIGN-RMSD之后出现这样的提示：couldn't open "trajrmsd.dat": permission denied（如图）
couldn't open "trajrmsd.dat": permission denied
couldn't open "trajrmsd.dat": permission denied
while executing
"open $file w"
(procedure "saveData" line 112)
invoked from within
"saveData $save_file "
(procedure "::rmsdtt::doRmsd" line 219)
invoked from within
"::rmsdtt::doRmsd"
(, 下载次数 Times of downloads: 6)

2、在TKConsole中输入pwd,显示：
C:/Program Files/VMD
3、打开这个目录，没有trajrmsd.dat的文件
注：使用的软件是NAMD，且psf和dcd文件都保存在D盘下面。

作者
Author: sobereva 时间: 2024-12-4 17:49
别把VMD装到默认路径下，并且确保用的1.9.3

作者
Author: yolo-bike 时间: 2024-12-4 19:46

sobereva 发表于 2024-12-4 17:49
别把VMD装到默认路径下，并且确保用的1.9.3

谢谢社长！把VMD版本改回1.9.3，保存路径放到了D盘，成功了。

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