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标题: Gaussian 对称性报错 Consistency failure #1 in PutSyO [打印本页]
作者
Author: 王二葛    时间: 2024-12-4 18:26
标题: Gaussian 对称性报错 Consistency failure #1 in PutSyO
最近遇到了一个分子，Gaussian 报错 "Consistency failure #1 in PutSyO."，搜过了没有相关信息

初步认定是对称性的导致的，但加入 nosymm 依旧报错，测试过 G09, G16A03, G16C01 均是一样的报错

唯独 iop(2/15=3) 彻底取消调用对称性才解决，但我更想知道为什么报错、这个分子特殊在哪里

去看了某版本的源码，找到这行报错在 "PutSyO" 子程序，它的作用是把分子转到指定朝向，应该是达到了最大尝试次数 4 抛出报错

还用 Multiwfn 看了下转动惯量，有两个本征值很接近，可能是这个原因吗？

把最小输入文件贴出来，求解答
  1. #p uhf

  3. erga

  5. 0 2
  6. H 0.00592828 0.01252564 1.18852829
  7. C -0.04091048 -0.00681990 -0.19894948
  8. H 1.00251302 0.08600736 -0.49642352
  9. H -0.49189127 -0.97041252 -0.43120214
  10. H -0.65975232 0.85303188 -0.45100006
  11. H 0.03685203 0.02527568 2.10510648

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作者
Author: 洛兰希尔    时间: 2024-12-4 19:18
本帖最后由 洛兰希尔 于 2024-12-4 19:20 编辑

好奇去试了一下，发现用内坐标就能正常跑（G16 B.01）
看了一眼输出文件，l202的部分如下：
  1. (Enter D:\G16W\l202.exe)
  2.                           Input orientation:                          
  3. ---------------------------------------------------------------------
  4. Center     Atomic      Atomic             Coordinates (Angstroms)
  5. Number     Number       Type             X           Y           Z
  6. ---------------------------------------------------------------------
  7.       1          1           0        0.000000    0.000000    0.000000
  8.       2          6           0        0.000000    0.000000    1.388403
  9.       3          1           0        1.057276    0.000000    1.649185
  10.       4          1           0       -0.528640    0.915637    1.649141
  11.       5          1           0       -0.528645   -0.915624    1.649182
  12.       6          1           0       -0.000021    0.000028   -0.917188
  13. ---------------------------------------------------------------------
  14.                     Distance matrix (angstroms):
  15.                     1          2          3          4          5
  16.      1  H    0.000000
  17.      2  C    1.388403   0.000000
  18.      3  H    1.958990   1.088963   0.000000
  19.      4  H    1.958958   1.088961   1.831262   0.000000
  20.      5  H    1.958988   1.088963   1.831261   1.831262   0.000000
  21.      6  H    0.917188   2.305591   2.775635   2.775577   2.775629
  22.                     6
  23.      6  H    0.000000
  24. This structure is nearly, but not quite of a higher symmetry.
  25. Consider Symm=Loose if the higher symmetry is desired.
  26. Stoichiometry    CH5(2)
  27. Framework group  C1[X(CH5)]
  28. Deg. of freedom    12
  29. Full point group                 C1      NOp   1
  30. Largest Abelian subgroup         C1      NOp   1
  31. Largest concise Abelian subgroup C1      NOp   1
  32.                          Standard orientation:                        
  33. ---------------------------------------------------------------------
  34. Center     Atomic      Atomic             Coordinates (Angstroms)
  35. Number     Number       Type             X           Y           Z
  36. ---------------------------------------------------------------------
  37.       1          1           0        1.123703    0.000301   -0.000008
  38.       2          6           0       -0.264700   -0.000070   -0.000004
  39.       3          1           0       -0.525291   -0.721316   -0.773138
  40.       4          1           0       -0.525353   -0.309111    1.011129
  41.       5          1           0       -0.525754    1.030006   -0.237985
  42.       6          1           0        2.040892    0.000539    0.000024
  43. ---------------------------------------------------------------------
  44. Rotational constants (GHZ):         149.5310353          58.1551195          58.1551000
  45. Leave Link  202 at Wed Dec 04 19:15:42 2024, MaxMem=  3221225472 cpu:               0.0 elap:               0.2
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或许是笛卡尔坐标下判断点群出问题了？
作者
Author: sobereva    时间: 2024-12-4 20:40
gview里对称化成C3v后可以正常计算
作者
Author: 王二葛    时间: 2024-12-5 01:22
谢谢洛兰希尔和 Sob 回复

试过了在 GV 里 symmetrize，这的确可以解决。前几天有个结构的非谐计算有奇怪的报错（C1 -> C2v 什么的），也是这样做的

补充些背景：这个结构是调用 Gaussian 做 string method 中遇到的，我现在必须要算出这个笛卡尔坐标的能量   :-(

如果有除了 IOp(2/15=3) 的方法，烦请补充，或许哪位正版用户反馈给 Gaussian 官方试试

---

但我思考了下，我可以转动初猜，就不会优化到这个 corner case 了，目前暂时解决，挺担心以后再遇到的
作者
Author: Daniel_Arndt    时间: 2024-12-5 11:25
有时候涉及到转一些小分子的时候，会出现一些奇怪的情况。我之前尝试叠合两个苯环的时候，遇到过一些不大好处理的情况。我的初始想法就是算个RMSD，然后搞出optimal rotation matrix，然后就旋转，结果实际操作中发现这么做的话会有些奇怪的情况，最后的解决方案比较丑陋，就是先旋转了两次，然后再算RMSD及optimal rotation matrix，最后进行第三次旋转。但我不大清楚我遇到的情况跟楼主遇到的情况是不是一样的原因，我对这些偏计算机图形学方向的数值算法不是很了解。

我尝试过搜索文献，这里面可能相关的就是 https://doi.org/10.1002/jcc.25802 （如果IP地址不能浏览Journal of Computational Chemistry的话，可以从 https://www.math.unm.edu/~vageli/papers/RMSDpaper.pdf 看到这篇文章）一文中“Degenerate superposition”一节。还可能相关的就是 https://doi.org/10.1186/s13321-020-00455-2 中的Figure 2。



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