计算化学公社

标题: 求助CP2K测试能量随K点收敛性的脚本运行的问题 [打印本页]

作者
Author: xxxx531 时间: 2024-12-4 22:26
标题: 求助CP2K测试能量随K点收敛性的脚本运行的问题
我将kpconv.sh、kpconv.inp、XYZ.txt三个文件拷贝到cp2k的运行目录下，但是在执行 chmod+x./kpconv.sh和./kpconv.sh后出现以下报错是怎么回事
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作者
Author: Uus/pMeC6H4-/キ 时间: 2024-12-4 22:34
标题不用自己写标签哦

第一个指令应该是chmod +x ./kpconv.sh，在+x前后都有一个空格，详见man chmod或者在线手册；正常执行完第一个后第二个也就能用了。

作者
Author: xxxx531 时间: 2024-12-4 22:46
本帖最后由 xxxx531 于 2024-12-4 22:47 编辑

Uus/pMeC6H4-/キ发表于 2024-12-4 22:34
标题不用自己写标签哦

第一个指令应该是chmod +x ./kpconv.sh，在+x前后都有一个空格，详见man chmod或 ...

我调整之后是这样的，而且kp.txt显示为0，这是咋回事？
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作者
Author: Uus/pMeC6H4-/キ 时间: 2024-12-4 23:01

xxxx531 发表于 2024-12-4 22:46
我调整之后是这样的，而且kp.txt显示为0，这是咋回事？

kpconv.sh脚本是用的mpirun指令以多进程并行方式运行CP2K，但现在找不到mpirun指令，CP2K根本就没跑起来。如果你是在用官方预编译cp2k.ssmp的话，修改脚本第7行cp2k_bin变量为cp2k.ssmp，在下面涉及mpirun的两行前面加个#注释掉，再把两行上面原本注释掉的行前面的#删掉。

对CP2K用户来说基本的Linux环境使用方法是很有必要掌握的，而且熟练后也可以按社长博文http://sobereva.com/586自行编译CP2K获得高效的并行版本。

作者
Author: sobereva 时间: 2024-12-5 01:59
别自己在标题里手写[CP2K]这种标签。这次给你去了，以后注意！

作者
Author: xxxx531 时间: 2024-12-5 08:39

sobereva 发表于 2024-12-5 01:59
别自己在标题里手写[CP2K]这种标签。这次给你去了，以后注意！

好的老师，下次一定注意！

作者
Author: xxxx531 时间: 2024-12-5 09:17

Uus/pMeC6H4-/キ发表于 2024-12-4 23:01
kpconv.sh脚本是用的mpirun指令以多进程并行方式运行CP2K，但现在找不到mpirun指令，CP2K根本就没跑起来 ...

我用的cp2k.psmp这个版本，请问我修改脚本第7行cp2k_bin变量为cp2k.psmp之后，还要做什么其他更改吗？

作者
Author: Uus/pMeC6H4-/キ 时间: 2024-12-5 09:58

xxxx531 发表于 2024-12-5 09:17
我用的cp2k.psmp这个版本，请问我修改脚本第7行cp2k_bin变量为cp2k.psmp之后，还要做什么其他更改吗？

不用改了。但是又回到3楼的问题，cp2k.psmp是应该用mpirun来跑的，都编译了并行版不应该没有MPI工具啊。既然kpconv.sh要运行CP2K做计算，该有的环境都要准备好，包括博文586中2.3节提到的source /../setup和export PATH两个设置（具体的路径按自己的实际补齐）。

你的CP2K是在私有电脑上跑的还是在有作业调度系统的公共超算上跑的？

作者
Author: xxxx531 时间: 2024-12-5 10:05

Uus/pMeC6H4-/キ发表于 2024-12-5 09:58
不用改了。但是又回到3楼的问题，cp2k.psmp是应该用mpirun来跑的，都编译了并行版不应该没有MPI工具啊。 ...

超算

作者
Author: Uus/pMeC6H4-/キ 时间: 2024-12-5 10:13

xxxx531 发表于 2024-12-5 10:05
超算

那就找一个设置好计算资源分配、能单独正常提交CP2K作业任务的脚本，在mkdir $work_dir之后用cp把脚本复制到$work_dir里，把下面mpirun的指令改成提交作业任务的指令。要不要设runmode=1逐个提交取决于超算上你能同时提交的数量。

作者
Author: xxxx531 时间: 2024-12-5 17:23
本帖最后由 xxxx531 于 2024-12-5 17:25 编辑

Uus/pMeC6H4-/キ发表于 2024-12-5 10:13
那就找一个设置好计算资源分配、能单独正常提交CP2K作业任务的脚本，在mkdir $work_dir之后用cp把脚本复 ...

我运行之后kpconv.out文件出现下面的显示，请问这是有什么问题吗？

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作者
Author: Uus/pMeC6H4-/キ 时间: 2024-12-5 23:18

xxxx531 发表于 2024-12-5 17:23
我运行之后kpconv.out文件出现下面的显示，请问这是有什么问题吗？

我说的“在mkdir $work_dir之后用cp把脚本复制到$work_dir里”是指Linux文件与目录管理用的cp指令，不是用键盘操作的复制粘贴代码，怪我没说清楚吧……

看来给你们提供超算服务的没把工作职责履行好，缺乏正确使用计算集群Linux系统相关知识的用户培训。别折腾什么CP2K测试脚本了，现在你首先要弄清楚的是Linux及shell脚本的基本概念，比如文件的目录结构、相对路径和绝对路径、常用指令等等，网上很容易搜到各种资料，比如前面那个链接指向的菜鸟教程或者计算机教育中缺失的一课之类的。

作者
Author: xxxx531 时间: 2024-12-6 08:51

Uus/pMeC6H4-/キ发表于 2024-12-5 23:18
我说的“在mkdir $work_dir之后用cp把脚本复制到$work_dir里”是指Linux文件与目录管理用的cp指令，不是 ...

好的，谢谢

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