计算化学公社

标题: 求助gromacs在nvt中真空层在中间，盒子两头是两块分子，是什么原因导致的呢？ [打印本页]

作者
Author: 0226 时间: 2024-12-5 01:19
标题: 求助gromacs在nvt中真空层在中间，盒子两头是两块分子，是什么原因导致的呢？
我延长z轴想要获得真空层去跑nvt，一般来说，分子在中间，真空层在两端。但我发现我的真空层在中间，盒子两头是两块分子，请教各位老师，这是什么原因导致的呢

作者
Author: sobereva 时间: 2024-12-5 01:58
截图说事。初始结构图也一起给出

作者
Author: 0226 时间: 2024-12-5 18:34
em之后的分子还没散开，并且模拟结束已通过轨迹矫正，还是出现这样的问题

作者
Author: 0226 时间: 2024-12-5 18:37

sobereva 发表于 2024-12-5 01:58
截图说事。初始结构图也一起给出

发在下面了，请各位老师指正

作者
Author: sobereva 时间: 2024-12-5 19:47
看轨迹动画弄清楚是怎么回事
如果没开消平动，开开

作者
Author: 0226 时间: 2024-12-6 18:15
本帖最后由 0226 于 2024-12-6 18:25 编辑

谢谢老师的解答，已经按照您的回答做出了措施
1，eq的轨迹中第一帧就开始散开了
2，已经在mdp文件中加入了消除平动
但问题依然没有解决，以下是我所用的文件我的体系是苯环需要扩真空研究界面性质
使用力场为opls aa top文件是拿之前gaff力场的top文件改的
可以请老师再帮忙看看哪里有问题吗

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)