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标题: 添加水分子的时候，水的位置不对怎么回事呢？ [打印本页]

作者
Author: pkuchemistry 时间: 2024-12-5 11:15
标题: 添加水分子的时候，水的位置不对怎么回事呢？
定义盒子利用这个命令：
gmx_mpi editconf -f 8fd9.gro -o 8fd9_box.gro -c -d 1.0 -bt cubic
得到的cell也是正常的；然后用以下命令：
gmx solvate -cp 8fd9.gro -cs spc216.gro -o 8fd9_solv.gro -p topol.top
得到的8fd9_solv.gro是水在蛋白旁边，而且性状也不对，怎么回事呢？

作者
Author: 春天花会开 时间: 2024-12-5 11:18
solvate 输入文件搞错了

作者
Author: pkuchemistry 时间: 2024-12-5 11:32

春天花会开发表于 2024-12-5 11:18
solvate 输入文件搞错了

谢谢，看到了。

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