计算化学公社

标题: 几何优化后与文献分子侧链基团方向不一致 [打印本页]

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Author: 科研小白0126 时间: 2024-12-5 11:27
标题: 几何优化后与文献分子侧链基团方向不一致
本帖最后由科研小白0126 于 2024-12-5 14:45 编辑

各位老师好，我在模拟构建文献分子时，发现我所构建出的模型，用molclus结合xtb构想搜索完再优化（机组泛函一致）后烷基醚侧链向内卷曲，与文献向外延伸不一致，这该怎么解决，希望有知道的老师们可以指导一下，万分感谢。

作者
Author: Uus/pMeC6H4-/キ 时间: 2024-12-5 11:34
本帖最后由 Uus/pMeC6H4-/キ于 2024-12-5 11:37 编辑

文献的结构没画出氢原子，需要在构建结构时先自己补上再计算。

编辑：不对，cluster.xyz里面的结构是有氢的，请无视这帖

作者
Author: 科研小白0126 时间: 2024-12-5 11:40

Uus/pMeC6H4-/キ发表于 2024-12-5 11:34
文献的结构没画出氢原子，需要在构建结构时先自己补上再计算。

编辑：不对，cluster.xyz里面的结构是有 ...

我把氢隐藏了，要不然我怕不易观看

作者
Author: Uus/pMeC6H4-/キ 时间: 2024-12-5 12:04

科研小白0126 发表于 2024-12-5 11:40
我把氢隐藏了，要不然我怕不易观看

哦哦，这是先把cluster.xyz转换成了GaussView可读取的什么格式再加载的么？多帧.xyz还是直接用VMD来看的舒服。

一楼这图的卷曲构象只是.xyz里面的第一帧（在VMD里标号为0），后面有好几帧比如VMD中标号22、29、42、43、47等的是侧链比较舒展的。

作者
Author: 科研小白0126 时间: 2024-12-5 12:16

Uus/pMeC6H4-/キ发表于 2024-12-5 12:04
哦哦，这是先把cluster.xyz转换成了GaussView可读取的什么格式再加载的么？多帧.xyz还是直接用VMD来看的 ...

但是后面能量去重阈值大于5kcal/mol能用于几何优化以及相关计算吗

作者
Author: wzkchem5 时间: 2024-12-5 15:49
文献是计算的结构还是实验的结构？如果是计算的结构，会不会文献没做构象搜索？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-12-5 16:30

科研小白0126 发表于 2024-12-5 12:16
但是后面能量去重阈值大于5kcal/mol能用于几何优化以及相关计算吗

去重阈值怎么能大于5kcal/mol
搞清楚去重的原理。5kcal/mol当做保留的构象的相当能量上限还差不多

如果是晶体结构，别盲目拿真空下的对比
实验测定分子结构的方法以及将实验结构用于量子化学计算需要注意的问题
http://sobereva.com/569

如果是文献里的结构，作者如果没做构象搜索就不要拿它当做参考。按照molclus的教程以正确方式计算就完了

作者
Author: 科研小白0126 时间: 2024-12-5 18:06

sobereva 发表于 2024-12-5 16:30
去重阈值怎么能大于5kcal/mol
搞清楚去重的原理。5kcal/mol当做保留的构象的相当能量上限还差不多

好的老师，感谢老师指导

作者
Author: 科研小白0126 时间: 2024-12-5 18:06

wzkchem5 发表于 2024-12-5 15:49
文献是计算的结构还是实验的结构？如果是计算的结构，会不会文献没做构象搜索？

是计算的结构但未表明是否进行了构象搜索

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