计算化学公社

标题: 请问NPT,NVT的时候可以用GPU加速吗？ [打印本页]

作者
Author: pkuchemistry 时间: 2024-12-5 12:28
标题: 请问NPT,NVT的时候可以用GPU加速吗？
MD做到了NVT平衡这一步，输入命令：gmx mdrun -v -deffnm nvt 开始控温平衡，但是速度很慢，我这个服务器装了显卡的，这一步能用GPU加速吗，添加什么命令呢，谢谢~

作者
Author: student0618 时间: 2024-12-5 13:44
GROMACS版本要用有enable cuda support 的。具体是哪版本、如何操作请咨询服务器的管理员。

作者
Author: pkuchemistry 时间: 2024-12-5 13:46

student0618 发表于 2024-12-5 13:44
GROMACS版本要用有enable cuda support 的。具体是哪版本、如何操作请咨询服务器的管理员。

我装的GMX是24年最新版，GPU是nvidia的，请问怎么在命令行调用GPU呢。

作者
Author: pkuchemistry 时间: 2024-12-5 13:50
本帖最后由 pkuchemistry 于 2024-12-5 13:51 编辑

student0618 发表于 2024-12-5 13:44
GROMACS版本要用有enable cuda support 的。具体是哪版本、如何操作请咨询服务器的管理员。

GMX是2024.3版本，CUDA version是12.2

作者
Author: pkuchemistry 时间: 2024-12-5 14:01

student0618 发表于 2024-12-5 13:44
GROMACS版本要用有enable cuda support 的。具体是哪版本、如何操作请咨询服务器的管理员。

输入这个命令不行，请大神指点。

作者
Author: jlyjlysjd 时间: 2024-12-5 14:12
需要编译为GPU版本，如果有编译好的，要问服务器商如何调用GPU版本

作者
Author: student0618 时间: 2024-12-5 14:15
先用gmx -version 检查你用的gmx 编译时有没有enable gpu support。

作者
Author: pkuchemistry 时间: 2024-12-5 14:26

student0618 发表于 2024-12-5 14:15
先用gmx -version 检查你用的gmx 编译时有没有enable gpu support。

亲，是这样的，请问怎么编译CUDA呀？

作者
Author: pkuchemistry 时间: 2024-12-5 14:27

student0618 发表于 2024-12-5 14:15
先用gmx -version 检查你用的gmx 编译时有没有enable gpu support。

大概没有编译（如下图），请问怎么编译呀。

作者
Author: student0618 时间: 2024-12-5 14:29
本帖最后由 student0618 于 2024-12-5 14:31 编辑

pkuchemistry 发表于 2024-12-5 14:27
大概没有编译（如下图），请问怎么编译呀。

先问一下你的服务器管理员有没有编译好的。没有的话
http://bbs.keinsci.com/thread-11821-1-1.html 这帖搜CUDA。

作者
Author: pkuchemistry 时间: 2024-12-5 14:37
本帖最后由 pkuchemistry 于 2024-12-5 14:39 编辑

student0618 发表于 2024-12-5 14:29
先问一下你的服务器管理员有没有编译好的。没有的话
http://bbs.keinsci.com/thread-11821-1-1.html 这帖 ...

服务器上没有编译好的GMX，因为我现在的GMX已经装好了，这样还需要完全卸载掉重新安装吗？服务器上的GPU是能被其它软件识别到的，比如薛定谔。

作者
Author: student0618 时间: 2024-12-5 15:02
本帖最后由 student0618 于 2024-12-5 15:10 编辑

pkuchemistry 发表于 2024-12-5 14:37
服务器上没有编译好的GMX，因为我现在的GMX已经装好了，这样还需要完全卸载掉重新安装吗？服务器上的GPU ...

不用，有需要时source 要用版本的GMXRC就可以了。
编译时没加gpu support 当然不会识别到哦......

作者
Author: bluewhale 时间: 2024-12-5 15:11

pkuchemistry 发表于 2024-12-5 14:27
大概没有编译（如下图），请问怎么编译呀。

可以参考这里：
https://ccportal.ims.ac.jp/en/node/3753

作者
Author: pkuchemistry 时间: 2024-12-5 15:31

student0618 发表于 2024-12-5 15:02
不用，有需要时source 要用版本的GMXRC就可以了。
编译时没加gpu support 当然不会识别到哦......

目前查看目录usr/local下面已经有CUDA了，现在就是想怎么编译一下GMX到它能使用GPU的程度，利用兄弟们提供的链接，输入了命令 cmake .. -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON -DREGRESSION_DOWNLOAD=ON -DGMX_MPI=on -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/path/to/dir -DGMX_GPU=CUDA -DCUDA_TOOLKIT_ROOT_DIR=/usr/local/cuda
但是给出的结果是如下图，所以不知道怎么样才能正确的编译，大神们能具体知道一下吗？

作者
Author: pkuchemistry 时间: 2024-12-5 15:32

bluewhale 发表于 2024-12-5 15:11
可以参考这里：
https://ccportal.ims.ac.jp/en/node/3753

谢谢兄弟，但是我还是不会怎么弄。。。。

作者
Author: student0618 时间: 2024-12-5 15:36

pkuchemistry 发表于 2024-12-5 15:31
目前查看目录usr/local下面已经有CUDA了，现在就是想怎么编译一下GMX到它能使用GPU的程度，利用兄弟们提 ...

不需要MPI就不用enable 他，用gromacs自己的thread mpi就可以了。

作者
Author: pkuchemistry 时间: 2024-12-5 16:04

student0618 发表于 2024-12-5 15:36
不需要MPI就不用enable 他，用gromacs自己的thread mpi就可以了。

我现在CUDA也enable不了呀

作者
Author: sobereva 时间: 2024-12-5 16:31
怎么编译GPU版下文明确写明了
GROMACS的安装方法（含全程视频演示）
http://sobereva.com/457（http://bbs.keinsci.com/thread-11821-1-1.html）

作者
Author: pkuchemistry 时间: 2024-12-5 19:42

sobereva 发表于 2024-12-5 16:31
怎么编译GPU版下文明确写明了
GROMACS的安装方法（含全程视频演示）
http://sobereva.com/457（http://bb ...

谢谢！

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