计算化学公社

标题: CP2K计算原子7000+大体系的电荷，报错停止 [打印本页]

作者
Author: yolo-blossom 时间: 2024-12-5 13:41
标题: CP2K计算原子7000+大体系的电荷，报错停止
本帖最后由 yolo-blossom 于 2024-12-5 14:15 编辑

各位老师好，
我想用cp2k跑一个COF的电荷。体系还是比较大的，有七千多个原子，元素是C、H、O、N。
我用Multiwfn在下面图片设置所示的设置下产生的输入文件，
(, 下载次数 Times of downloads: 0)

利用cp2k -i input.inp |tee out.out命令运行
cp2k命令是采用sob老师在cp2k编译的中推荐的在bashrc文件中添加的alias cp2k='mpirun -np 4 cp2k.popt'
但是运行没一会便报错停止出现
--------------------------------------------------------------------------
prterun noticed that process rank 1 with PID 463020 on node kk-203 exited on
signal 9 (Killed).
--------------------------------------------------------------------------
第一次使用CP2K，还请各位老师多多详细指教一下

输入的inp和out文件如下所示：
(, 下载次数 Times of downloads: 8)

(, 下载次数 Times of downloads: 3)

作者
Author: sobereva 时间: 2024-12-5 16:15
4核跑7000多原子根本没戏。大概率是内存不够崩了
你明显跑的是超胞，毫无必要，跑原胞就完了。倘若要跑较大超胞的分子动力学，基于原胞的原子电荷指认超胞的原子电荷

作者
Author: yolo-blossom 时间: 2024-12-5 19:30

sobereva 发表于 2024-12-5 16:15
4核跑7000多原子根本没戏。大概率是内存不够崩了
你明显跑的是超胞，毫无必要，跑原胞就完了。倘若要跑较 ...

明白了sob老师谢谢您的指点

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)