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标题: 使用GMMX模块进行构象搜索的时候，出来的结果有一个原子离主体部分离的非常远 [打印本页]

作者
Author: HYriver 时间: 2024-12-5 16:43
标题: 使用GMMX模块进行构象搜索的时候，出来的结果有一个原子离主体部分离的非常远
使用GMMX模块进行构象搜索的时候，出来的结果有一个原子离主体部分离的非常远，初始结构又是先优化好的结构，不知道什么原因。

作者
Author: sobereva 时间: 2024-12-5 17:12
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，并清楚、准确反映出帖子具体内容，避免有任何歧义和含糊性，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题 “GMMX构象搜索” 改了，以后务必注意！下次将删帖+扣分处理。

作者
Author: sobereva 时间: 2024-12-5 17:13
甭用GMMX这么非主流的构象搜索程序。十分流行而且免费的molclus是好得多得多的选择
构型和构象搜索程序Molclus主页：http://www.keinsci.com/research/molclus.html
使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-577-1-1.html
gentor：扫描方式做分子构象搜索的便捷工具
http://bbs.keinsci.com/thread-2388-1-1.html
将Confab或Frog2与Molclus联用对有机体系做构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-20063-1-1.html
使用Molclus结合xtb做的动力学模拟对瑞德西韦(Remdesivir)做构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-16255-1-1.html

作者
Author: HYriver 时间: 2024-12-5 17:36
谢谢大神回复，只是说刚好买了GMMX这个模块，不用白不用，用Gentor设置扫描键长键角的时候，难免有的构象会考虑不到，后面会进一步学习molclus。

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