计算化学公社

标题: 求助使用CP2K计算体系非键能随时间的变化曲线，能量怎么使用CP2K进行输出？ [打印本页]

作者
Author: iamjjLin 时间: 2024-12-6 15:06
标题: 求助使用CP2K计算体系非键能随时间的变化曲线，能量怎么使用CP2K进行输出？
各位老师好，我想计算一个体系的非键能（Non-bonding energy）随时间的变化曲线，如下图所示：
(, 下载次数 Times of downloads: 3)
(, 下载次数 Times of downloads: 5)
这篇文章中非键能主要是Van der Waals and Coulomb interaction energies，请问这两个能量怎么使用CP2K进行输出。
我用GFN1-XTB的方法计算了一个MD任务，请问这个任务最后会输出这两个非键能吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-12-7 04:46
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，并清楚、准确反映出帖子具体内容，避免有任何歧义和含糊性，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题 “使用CP2K计算体系非键能随时间的变化曲线” 改了，以后务必注意！

作者
Author: sobereva 时间: 2024-12-7 04:48
那文章应当是用分子力场算的，GROMACS可以分别给出，CP2K不会单独给出不同物理成份

作者
Author: Uus/pMeC6H4-/キ 时间: 2024-12-15 14:35
本帖最后由 Uus/pMeC6H4-/キ于 2024-12-15 15:24 编辑

sobereva 发表于 2024-12-7 04:48
那文章应当是用分子力场算的，GROMACS可以分别给出，CP2K不会单独给出不同物理成份

社长您好，如果已用CP2K跑完分子动力学获得轨迹，原理上是否可以考虑采用您下面这两篇博文的方法，批量对各帧做能量分解并绘制成类似一楼的各成分对时间的曲线呢？
使用sobEDA和sobEDAw方法做非常准确、快速、方便、普适的能量分解分析
http://sobereva.com/685（http://bbs.keinsci.com/thread-39446-1-1.html）
使用Multiwfn做基于分子力场的能量分解分析
http://sobereva.com/442（http://bbs.keinsci.com/thread-10907-1-1.html）

编辑：使用场景举例，比如研究一个KCl+100H2O构成的水溶液体系中钾离子与水分子的相互作用（编辑2：应实验室要求确认此为合理的简化模型），有用CP2K跑AIMD的小几千帧轨迹也有用LAMMPS（实验室所限暂时没法用GROMACS）跑经典力场MD的大几万帧轨迹（转换成Multiwfn支持的文件格式），我在考虑的除了原理的问题还有批量计算的耗时。

作者
Author: sobereva 时间: 2024-12-16 02:34

Uus/pMeC6H4-/キ发表于 2024-12-15 14:35
社长您好，如果已用CP2K跑完分子动力学获得轨迹，原理上是否可以考虑采用您下面这两篇博文的方法，批量对 ...

如果你是指自动抠出来团簇，结合Gaussian+Multiwfn自动做这样的能量分解分析（比如分析K+与第一配位层的水之间的作用），原理上可以

作者
Author: Uus/pMeC6H4-/キ 时间: 2024-12-16 11:05

sobereva 发表于 2024-12-16 02:34
如果你是指自动抠出来团簇，结合Gaussian+Multiwfn自动做这样的能量分解分析（比如分析K+与第一配位层的 ...

需要抠团簇出来再计算，是因为上面那两种能量分解分析仅适用于孤立体系而不适用于周期性体系么？毕竟当钾离子浓度稍高一些时，无论盒子有多大都可能有配位层水分子在不同镜像间共享的情况，就是利用选择语句也不一定能取出明确的孤立团簇。

另一边，CP2K手册里也有个Reference指向J. Chem. Phys. 153, 214109 (2020)的
ENERGY_DECOMPOSITION_ANALYSIS字段，似乎可以兼顾周期性边界条件。把CP2K自带的benchmark中H2O-128.inp [注释为128 H2O (TIP5P,1bar,300K) a = 15.6404] 加载到Multiwfn生成单点能计算的输入文件，尝试用上述字段跑的结果如附件1所示。看起来CP2K先以STO-3G极小基为参照做IAO分析（这里跳过了默认开启、耗时超长的轨道定域化），然后分别用IAO和Mulliken布居分析产生的电荷来分解各原子能量，但是不完全对应前面提到的能量分解分析产生的成分。社长对此有何看法？

(, 下载次数 Times of downloads: 2)

作者
Author: sobereva 时间: 2024-12-17 03:00

Uus/pMeC6H4-/キ发表于 2024-12-16 11:05
需要抠团簇出来再计算，是因为上面那两种能量分解分析仅适用于孤立体系而不适用于周期性体系么？毕竟当钾 ...

抠的时候要考虑周期性，VMD里可以用pbwithin
抠团簇是为了用sobEDA等能量分解，只支持孤立体系

你说的CP2K里的那个能量分解没什么实际用处，那只是把总能量及其成份分解成原子贡献，并不给像常用的能量分解那样能给出片段间相互作用的物理成份

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)