计算化学公社

标题: sobEDA做能量分解分析出现错误 [打印本页]

作者
Author: jiangyan 时间: 2024-12-6 16:13
标题: sobEDA做能量分解分析出现错误
本帖最后由 jiangyan 于 2024-12-6 16:16 编辑

老师，您好！我使用了sobEDA的程序计算分子间的相互作用，已经把例子跑过一遍，能重复出来，我的Multiwfn的版本是Version 3.8(dev), release date: 2023-Dec-8，但是在跑我自己的分子时候就会死在promol这一步，报错如下图 (, 下载次数 Times of downloads: 1) ，后面我看了产生了promol.fch文件，用Multiwfn打开按0可以显示出来轨道，手动运行unfchk promol.fch promol.chk显示如下图， (, 下载次数 Times of downloads: 0) ，下面是我的输入文件，请帮我看看我后面如何解决这个报错呢
(, 下载次数 Times of downloads: 0) (, 下载次数 Times of downloads: 0) (, 下载次数 Times of downloads: 1) (, 下载次数 Times of downloads: 0) (, 下载次数 Times of downloads: 0) (, 下载次数 Times of downloads: 2) (, 下载次数 Times of downloads: 6) (, 下载次数 Times of downloads: 1)

作者
Author: sobereva 时间: 2024-12-6 23:33
内存不够，或者软件环境兼容性问题之类。纯粹是Gaussian层面的问题，跟Multiwfn和sobEDA无关

作者
Author: jiangyan 时间: 2024-12-7 16:56
老师您好，这应该是运行环境的问题，我能够跑到promol.out正常结束，我想再promol.out的基础上再进行续跑，请问我应该如何操作呢

作者
Author: sobereva 时间: 2024-12-7 17:10

jiangyan 发表于 2024-12-7 16:56
老师您好，这应该是运行环境的问题，我能够跑到promol.out正常结束，我想再promol.out的基础上再进行续跑， ...

自己改脚本

作者
Author: deltazheng 时间: 2024-12-13 17:02

sobereva 发表于 2024-12-6 23:33
内存不够，或者软件环境兼容性问题之类。纯粹是Gaussian层面的问题，跟Multiwfn和sobEDA无关

sob老师我遇到了楼主同样的问题，应该是因为内存不够导致unfchk命令无法完成（Out-of-memory error in routine UFChk）。我看到sobEDA.sh脚本中相关代码应该是这两行

echo "Running: unfchk promol.fch promol.chk"
unfchk promol.fch promol.chk > /dev/null

我的问题是如何修改脚本使得unfchk运行时能调佣更大的内存呢？我在Gaussian的Default.Route文件中已经设置了 -P- 48；-M- 300GB。但是这些默认设置似乎对unfchk命令没有效果。另外，我查到可以用如下方式在命令行使用g16时设置核数和内存：

$ g16 -p="48" -m="300GB" XXX.gjf XXX.out

但是用这种方法使用unfchk

$ unfchk -p="48" -m="300GB" XXX.fch XXX.chk

却马上报错说 Unrecognized switch "-p=48"

请问sob老师应该怎样修改sobEDA.sh文件避免unfchk内存不足的问题？谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2024-12-14 02:04

deltazheng 发表于 2024-12-13 17:02
sob老师我遇到了楼主同样的问题，应该是因为内存不够导致unfchk命令无法完成（Out-of-memory error in r ...

详谈Multiwfn支持的输入文件类型、产生方法以及相互转换
http://sobereva.com/379（http://bbs.keinsci.com/thread-6020-1-1.html）

里面明确说了GAUSS_MEMDEF环境变量的事

作者
Author: deltazheng 时间: 2024-12-14 07:43

sobereva 发表于 2024-12-14 02:04
详谈Multiwfn支持的输入文件类型、产生方法以及相互转换
http://sobereva.com/379（http://bbs.keinsci. ...

感谢sob老师，问题已解决~

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