计算化学公社

标题: 体系加入了3层MoS2纳米片跑完后散了，请教如何解决 [打印本页]

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作者
Author: cgy    时间: 2024-12-6 19:53
标题: 体系加入了3层MoS2纳米片跑完后散了，请教如何解决
  各位老师好，在做单体扩散的时候加入了三层MoS2，如图1所示，但是在跑完之后三层MoS2散了，如图2所示。我又采用冻结MoS2之后发现跑完MoS2没有发生移动，如图3所示。
我想请问老师有没有可以实现三层MoS2的整体三层结构不变，而可以在体系中自由移动的方法吗。因为冻结之后MoS2原子的位置全都不动了，对于分析加入MoS2前后PIP（哌嗪）扩散系数的变化可能会不准确。谢谢老师。

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作者
Author: sobereva    时间: 2024-12-7 04:55
每层MoS2之间的边角的原子间加上适当的谐振势实现绑住

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作者
Author: cgy    时间: 2024-12-7 09:51

sobereva 发表于 2024-12-7 04:55
每层MoS2之间的边角的原子间加上适当的谐振势实现绑住

请问老师谐振势是从itp文件里手动添加吗，还是通过其他软件可以得出，比如cp2k，vasp等，请老师赐教。

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作者
Author: sobereva    时间: 2024-12-8 03:11

cgy 发表于 2024-12-7 09:51
请问老师谐振势是从itp文件里手动添加吗，还是通过其他软件可以得出，比如cp2k，vasp等，请老师赐教。

是

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作者
Author: zzvion    时间: 2025-3-5 23:41
你的MoS2用的什么力场呢

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作者
Author: cgy    时间: 2025-3-7 10:47

zzvion 发表于 2025-3-5 23:41
你的MoS2用的什么力场呢

gromacs里面用的UFF力场，materials studio里面用的cvff力场

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作者
Author: zzvion    时间: 2025-3-7 13:40

cgy 发表于 2025-3-7 10:47
gromacs里面用的UFF力场，materials studio里面用的cvff力场

感谢您的回答，但是UFF和CVFF是不是都没有有电荷项啊，我想做吸附，是不应该根据计算去添加呢

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作者
Author: cgy    时间: 2025-3-9 19:35

zzvion 发表于 2025-3-7 13:40
感谢您的回答，但是UFF和CVFF是不是都没有有电荷项啊，我想做吸附，是不应该根据计算去添加呢

太客气了您，确实需要根据文献手动加电荷

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作者
Author: Eianghuan    时间: 2025-6-18 11:53

cgy 发表于 2025-3-9 19:35
太客气了您，确实需要根据文献手动加电荷

请教老师，您的三层MoS2看着用的不是周期性体系，请问是做边缘饱和了吗，可以请教一下用什么方法吗

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