计算化学公社

标题: 请问，这行数字原本代表什么？ [打印本页]

作者
Author: nitp7034 时间: 2024-12-7 01:37
标题: 请问，这行数字原本代表什么？
本帖最后由 nitp7034 于 2024-12-7 01:41 编辑

我用sybyl2.0提取了一个蛋白质里面的配体
用sobtop进行拓扑的时候被识别成了电荷，但看着这数字明显不太像

作者
Author: nitp7034 时间: 2024-12-7 01:38
还有我应该如何避免这种情况

作者
Author: sobereva 时间: 2024-12-7 05:29

nitp7034 发表于 2024-12-7 01:38
还有我应该如何避免这种情况

有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充，应直接编辑原帖，不要通过回帖进行补充，这点在置顶的新社员必读贴里明确说了。

谈谈记录化学体系结构的mol2文件
http://sobereva.com/655（http://bbs.keinsci.com/thread-34520-1-1.html）

作者
Author: nitp7034 时间: 2024-12-25 19:51
知道这代表什么了。
是pdb文件中的温度因子（B-因子）
The term B-factor, sometimes called the Debye-Waller factor, temperature factor, or atomic displacement parameter, is used in protein crystallography to describe the attenuation of X-ray or neutron scattering caused by thermal motion.

作者
Author: nitp7034 时间: 2024-12-25 22:47
知道如何解决了
sybyl2.0自带加电荷的功能，只要在对接准备阶段给整个蛋白质加上电荷，就能把b因子自动转换成电荷了。

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)