计算化学公社

标题: 使用CGenFF生成的Gromacs格式文件如何在topol.top中引用？ [打印本页]

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作者
Author: chain    时间: 2024-12-7 03:18
标题: 使用CGenFF生成的Gromacs格式文件如何在topol.top中引用？


Gromacs的蛋白质-配体复合物教程中生成配体JZ4分子拓扑文件的方式是使用cgenff_charmm2gmx.py脚本（我这里使用的是cgenff_charmm2gmx_py2.py）。但我是利用CGenFF自带的转换为Gromacs格式功能生成的拓扑文件。


在修改topol.top文件时，我比对了以上两种方式产生文件的内容，但是不知道应该如何在topol.top文件中include合适的CGenFF生成的文件。请问利用CGenFF直接生成的Gromacs格式文件应该如何使用呢？


以下为脚本生成的文件、自带功能生成的文件：

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作者
Author: student0618    时间: 2024-12-7 12:19
cgenff給的是完整的力場包。最簡單的用法是处理蛋白pdb2gmx選他給的charmm36.ff 包，然后jz4的top删去defaults molecules 等再include到蛋白生成的topol.top，topol.top [ molecules ]再补回jz4的数目。

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作者
Author: chain    时间: 2024-12-7 17:46

student0618 发表于 2024-12-7 12:19
cgenff給的是完整的力場包。最簡單的用法是处理蛋白pdb2gmx選他給的charmm36.ff 包，然后jz4的top删去defau ...

感谢！！

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