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标题: 对称分子调整到高阶点群，计算速度反而慢了很多 [打印本页]

作者
Author: leichuang 时间: 2024-12-7 18:35
标题: 对称分子调整到高阶点群，计算速度反而慢了很多
本帖最后由 leichuang 于 2024-12-7 20:02 编辑

各位老师好，首先说一下我使用的是Windows版的Gaussian 16.A.03计算的。

我在用高斯优化一个COF环结构时发现收敛很慢，然后根据Sob老师的http://sobereva.com/164“量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法”里面的建议，调整对称性，发现高阶点群下计算速度变得很慢。

我想试试是什么原因，就在C1点群下优化苯分子结构，计算速度特别快，三分钟就算完了。然后在D6h点群下优化苯分子结构，计算速度特别慢，五十分钟才能算完。两个计算文件在附件里面。

按照Sob老师在http://sobereva.com/297里面写的，利用对称性应该可以节约时间。但是看着两个苯分子的结果，发现不仅没有节约时间，反而让时间大大增加了，而且C1的苯分子一步就收敛了，D6h的苯分子一步并不能收敛，我想问一下这是什么原因。

作者
Author: leichuang 时间: 2024-12-7 18:47
本帖最后由 leichuang 于 2024-12-7 20:03 编辑

C1点群下优化苯分子只要三分钟，D6h点群下的优化苯分子却要50分钟。

作者
Author: mfdsrax2 时间: 2024-12-7 22:06

leichuang 发表于 2024-12-7 18:47
C1点群下优化苯分子只要三分钟，D6h点群下的优化苯分子却要50分钟。

我算这两个任务用时基本一致，1用时14.8秒，2用时13.6秒，两个结构都是一步收敛。G16 A.03 Win版

作者
Author: leichuang 时间: 2024-12-7 22:14

mfdsrax2 发表于 2024-12-7 22:06
我算这两个任务用时基本一致，1用时14.8秒，2用时13.6秒，两个结构都是一步收敛。G16 A.03 Win版

好的，非常感谢您的回复，那看来是我的软件的问题，谢谢您。

作者
Author: leichuang 时间: 2024-12-7 22:17

mfdsrax2 发表于 2024-12-7 22:06
我算这两个任务用时基本一致，1用时14.8秒，2用时13.6秒，两个结构都是一步收敛。G16 A.03 Win版

老师，您好！可不可以看一下您的两个输入文件呀，我看看是不是我输入文件的问题。

作者
Author: sobereva 时间: 2024-12-8 03:35
跟输入文件没关系，纯粹是你的运行环境出了灵异事件。重启一下重算99.99%的概率速度变得正常

作者
Author: leichuang 时间: 2024-12-8 17:12

sobereva 发表于 2024-12-8 03:35
跟输入文件没关系，纯粹是你的运行环境出了灵异事件。重启一下重算99.99%的概率速度变得正常

老师，您好！非常感谢您的回复。我重启了电脑，发现在大约前40s内D6h点群下的优化苯分子非常快，这时候应该是正常的，但是大约40s后，速度就又开始变得非常慢了。C1点群下优化苯分子不受影响。我尝试使用G16 C.03 Win版，发现也是同样的问题，重启约前40s内非常快，约40s后非常慢。我想问您一下，这个要怎么解决呀？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-12-8 17:17

leichuang 发表于 2024-12-8 17:12
老师，您好！非常感谢您的回复。我重启了电脑，发现在大约前40s内D6h点群下的优化苯分子非常快，这时候应 ...

这种灵异事情远程说不清楚
确保机子里没开任何防护程序干扰Gaussian运行。并且调节核数和内存量试试
实测2.gjf用G16W B.01 64bit，i9-13980HX上十几秒就跑完了

你用的是A.03而非C.03

作者
Author: leichuang 时间: 2024-12-8 19:20

sobereva 发表于 2024-12-8 17:17
这种灵异事情远程说不清楚
确保机子里没开任何防护程序干扰Gaussian运行。并且调节核数和内存量试试
实 ...

老师，您好！我检查了一下电脑里面的软件，高斯运行时，电脑只运行了windows10系统自带的系统软件，没有运行其他软件，因为windows10自带的的系统软件有些多，我不确定是否存在影响Gaussian运行的程序。

我尝试着调节核数和内存量，问题依旧存在。

软件版本号是我表述错误了，我刚开始运行的是16 A.03，发现了这种问题，我今天又使用了16 C.01，问题依旧存在，就是重启后的电脑刚开始一分钟一内运行的很快，一分钟以后运行的特别慢。

我检查任务管理器，发现前一分钟运行快的时候，高斯能调动比较多的CPU，最高时有70%，但是一分钟以后最高只能调动3%的CPU，而且大部分之间占用的CPU为0，系统里面也不存在其他大量占用CPU的软件，CPU资源很充足。我觉得运行速度突然变得很慢，应该是CPU的调用问题。不知道要怎么解决。

作者
Author: sobereva 时间: 2024-12-9 03:55

leichuang 发表于 2024-12-8 19:20
老师，您好！我检查了一下电脑里面的软件，高斯运行时，电脑只运行了windows10系统自带的系统软件，没有 ...

干脆装个vmware虚拟机，在里面跑linux版Gaussian得了

作者
Author: mfdsrax2 时间: 2024-12-9 14:25

leichuang 发表于 2024-12-7 22:17
老师，您好！可不可以看一下您的两个输入文件呀，我看看是不是我输入文件的问题。

我就下载的你的输入文件，只改了chk文件的路径，其他都没动

作者
Author: leichuang 时间: 2024-12-9 15:03

mfdsrax2 发表于 2024-12-9 14:25
我就下载的你的输入文件，只改了chk文件的路径，其他都没动

好的，谢谢您，打扰您了。

作者
Author: leichuang 时间: 2024-12-9 15:10

sobereva 发表于 2024-12-9 03:55
干脆装个vmware虚拟机，在里面跑linux版Gaussian得了

老师，您好！谢谢您的回复，我已经按照您的建议安装vmware虚拟机，然后安装了Rocky Linux，然后根据您的http://bbs.keinsci.com/thread-10814-1-1.html教程安装了linux版本的Gaussian16，运行非常快，谢谢您。在此奉劝后面的诸君，linux版本的Gaussian比windows版本的快很多，不要觉得麻烦就去安装windows版本的。以我作为例子，我本身没有任何计算机基础，自己鼓捣了一天就安装好了，多看看Sob老师的博文，就肯定没问题，一定要仔细看博文的每一句话，甚至每一个字，Sob老师的博文绝对没有一句废话，不要为了省时间而错过一句话。

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