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标题: 请教如何用gromacs的acc-grps进行非平衡分子模拟 [打印本页]

作者
Author: 418086011 时间: 2024-12-8 12:11
标题: 请教如何用gromacs的acc-grps进行非平衡分子模拟
本帖最后由 418086011 于 2024-12-8 12:11 编辑

如图所示，希望通过acc-grps对膜两侧施加不同大小的压力。但是acc-grps给出的是加速度大小，请问如何通过加速度的值计算压力大小？
我的理解是：P=F/S=ma/LxLy. 假设力施加的对象是一块由n个碳原子组成的碳板，a是给出的加速度大小，Lx和Ly分别是x,y方向碳板的长度，那么
（1）m是碳的相对分子质量12吗？
（2）m是所有碳原子的加和吗？也就是12n？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-12-8 16:50
我怀疑这有什么意义。如果中间没有固定，两边受力不同会导致整体发生平移（不消平动的前提下）

作者
Author: 418086011 时间: 2024-12-8 22:04

sobereva 发表于 2024-12-8 16:50
我怀疑这有什么意义。如果中间没有固定，两边受力不同会导致整体发生平移（不消平动的前提下）

中间层是一种膜材料，对其进行限制或约束，然后研究左侧的水分子和离子从膜材料中穿过的过程。不知道这种计算压力的方法是否合理？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-12-9 04:19
P=F/S
其中F是单个碳原子的受力（单个碳原子质量乘上加速度，碳原子的质量单位取决于P、S、加速度的单位，量纲弄对了就完了），S是LxLy除以n，即平均每个碳原子在板上的面积

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