计算化学公社

标题: 各位老师好，请教distance_restraints报错的问题，谢谢老师 [打印本页]

作者
Author: cgy 时间: 2024-12-9 11:51
标题: 各位老师好，请教distance_restraints报错的问题，谢谢老师
本帖最后由 cgy 于 2024-12-10 11:43 编辑

  各位老师好，在学习了论坛中关于距离限制的帖子后，我也对同一分子下的三层二硫化钼纳米片的边缘原子进行距离限制以使纳米片不跑散，但总报错如下
ERROR 1 [file m443.itp, line 8]:
  Atom index (5) in distance_restraints out of bounds (1-0).
  This probably means that you have inserted topology section
  "distance_restraints"
  in a part belonging to a different molecule than you intended to.
  In that case move the "distance_restraints" section to the right molecule.
我在top文件中二硫化钼纳米片的itp文件行的前后加了if define，如下
#include "D:\M443\pip.itp"
#ifdef DISRES
#include "D:\M443\m443.itp"
#endif
#include "oplsaa.ff/tip3p.itp"

在itp文件中将[ distance_restraints ]放到了[ moleculetype ]之后
[ moleculetype ]
; name       nrexcl
m443    3
[ distance_restraints ]
5 2 1 0 1 0.33 0.35 0.35 1.0
11 8 1 1 1 0.33 0.35 0.35 1.0
...

在mdp文件中加了
define = -DDISRES
dihre = simple
disre-weighting       = Conservative
disre-mixed             = no
disre-fc                   = 1000
disre-tau                = 0
nstdisreout             = 100

请问老师该如何解决，谢谢老师。

作者
Author: sobereva 时间: 2024-12-10 07:49
用[bonds]项实现限制势，并且要写到[atoms]后头

作者
Author: cgy 时间: 2024-12-10 11:45

sobereva 发表于 2024-12-10 07:49
用项实现限制势，并且要写到[atoms]后头

老师您好，在bonds项后面加了type为6的限制势之后，三层纳米片没有散，但是每层纳米片之间的键有断裂，请问老师这是什么原因，谢谢老师

作者
Author: sobereva 时间: 2024-12-11 02:26

cgy 发表于 2024-12-10 11:45
老师您好，在bonds项后面加了type为6的限制势之后，三层纳米片没有散，但是每层纳米片之间的键有断裂，请 ...

反复尝试加的位点以及加的数目、不同的力常数

作者
Author: cgy 时间: 2024-12-12 11:38

sobereva 发表于 2024-12-11 02:26
反复尝试加的位点以及加的数目、不同的力常数

已解决，重新生成了一遍top文件和gro文件后再加上之前的bonds限制就不散了，谢谢老师

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)