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标题: 能量最小化失败,麻烦大家看一下什么原因导致的 [打印本页]

作者
Author:
milk_q    时间: 2024-12-9 17:18
标题: 能量最小化失败,麻烦大家看一下什么原因导致的
1、使用chemdraw构建分子结构,chem3D可视化,并保存为pdb、.mol2格式
2、GFN2-xTB优化 ,得到xtbopt.xyz,charges、
3、multiwfn计算RESP,sobtop生成拓扑文件,基于Amber GAFF
4、搭建盒子,加入25个分子,填充spc216水模型,执行能量最小化
最小化报错:
Polak-Ribiere Conjugate Gradients converged to machine precision in 18 steps,
but did not reach the requested Fmax < 100.
Potential Energy = -1.1768061e+07
Maximum force = 1.8125794e+05 on atom 16366
Norm of force = 7.9638007e+02

下面是结构文件和参数文件,麻烦大家看一下什么原因导致的
(, 下载次数 Times of downloads: 3)



作者
Author:
snljty2    时间: 2024-12-9 18:32
这不是报错。如果MD后面能跑起来,就直接跑。如果不能,可以尝试用双精度版本再做一点儿能量极小化。
作者
Author:
milk_q    时间: 2024-12-9 18:45
snljty2 发表于 2024-12-9 18:32
这不是报错。如果MD后面能跑起来,就直接跑。如果不能,可以尝试用双精度版本再做一点儿能量极小化。

好的 谢谢您




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